起义军，均被义军打的落花流水。三省巡抚为之惊愕，商议结果，认为长期出没山林、以强悍凶狠着称的西南边陲的狼兵宜征宜战，结果狼兵也被打得大败。义军在三省边区相互呼应，在海上也有张琏党羽骚扰，如张琏命令王伯宣带领海上义军进攻潮州城，后又一直打海丰县，造成“山贼方炽，海警频仍，首尾牵制，时事艰难”。张琏义军所向披靡，如汹涌的大潮，猛烈冲击支撑明朝的南天之柱，甚至危及世宗的统治地位。
世宗急得如热锅上的蚂蚁，传旨三省调精兵前来征讨，两广巡抚张臬，平江伯陈圭应旨调集三省兵力共七万六千多人围剿，以都督刘显、总兵王宠，参将俞大猷、钟坤秀为统领，参议冯皋谟、佥事皇甫焕、贺泾、张冕为监军，水陆七哨，准备同时发动进攻。时宗宪兼制江西，知琏远出，檄大猷急击，大猷谓：“宜以潜师捣其巢，攻其必救，奈何以数万众从一夫浪走哉？”乃疾引万五千人登柏嵩岭，首战攻克数座营寨，一千二百多名义军战死。张琏命义军闭营坚守。明军用计引诱义军出战，正当明军与义军正面激战时，部分明军却从后包抄，张琏最得力的主将萧晚被擒。
明军故意放火烧山，义军连连失利，只好且守且御。“官兵逼贼营，望其城栅甚丽，旁环以小寨，无虑数百，逐进逼城栅，遗别将以火攻之，风顺火炽，焚贼寨殆尽，贼大溃。”明军对当地展开血腥镇压，除将擒获的张琏部将处死外，还杀了六千六百多名义军，另有一万五千多名男女被逼降，之后也被秘密处死。正当义军大本营陷入绝境之时，在外的张琏手下猛将林朝曦等率领部分义军攻打延平、建安。城坚未能破，义军又趁夜连破庆源、龙泉二县，获得战利品甚多。义军大本营失守后，林朝曦带领所属义军聚集黄积山，准备积聚兵力，重整旗鼓，与官兵决战。但毕竟大势已去，林朝曦只带领少量义军杀出重围，但最后还是落入前来围剿的明军手中，光荣就义。
罗袍率五千余众由箭竹隘入县，攻城时适逢大雨，永定河水涨，无法渡河，后撤走。张琏的义军在俞大猷的围剿下面临全军覆没的危险，张琏最后率余部由云霄河引航出海，辗转南下，夺占三佛齐岛，也算实现了皇帝梦。据日本人藤田丰八博士考查，三佛齐岛、旧港等地出土过刻有“飞龙”字样的石碑，经鉴定是张琏