弊端大胆提出改革主张并予以推行，教育问题上，主张“学者读书当以经国济世为务”，为师应“以身作则，正己安人”，治学上重视“由博反约”、“知行并举”，大力推行教育创新；防务问题上，选贤举能，修善城池，严禁各闸军索贿，严惩太监私占正军名额；反腐问题上，上疏罢免财奉承、结党营私之人，究贪官，查冤狱，改革攒造黄册之积弊。
提出“抑豪”、“稽籍”、“正租”的主张，驳斥腐儒复井田之议。提议改革边防弊政，严禁官府多报，冒领钱粮，推行“义仓之法”。针对上层社会的奢侈之风，提倡“崇位禁奢，相互简易”；法律问题上，反对暴政，强调“慎明刑狱”，“执法秉直不阿”。军事上提出“予储军饷”，“振刷兵制”，“寓兵于农”等治兵措施；民间起义问题上，提出“宽赋税，轻徭役”，改革银粮收解制度，防止贪官污吏从中盘剥，加重人民负担。
王廷相，任督察院左都御史时，曾对初任右副都御史的下属张瀚说：昨日雨后上街，见有位轿夫穿了双新鞋，一路小心翼翼生怕弄脏，结果进城后泥泞渐多，溅上了泥污。自此，这位轿夫就不再顾惜脚下的鞋子了。居身之道，亦犹是耳，倘一失足，将无所不至矣。张瀚很佩服王廷相的见解，一生谨记在心，廉洁奉公，对有恩于自己的张居正，也敢于直言力争。
王廷相，吸收了荀况、王充、张载、薛瑄的气本论和范缜的神灭论观点，肯定了张载关学思想的实用性，对程朱理学和陆王心学进行仔细研究后，认定气学才是真正儒学，晚年着书长发二十载。