了世宗，恰逢开朝会，世宗加封仇鸾太保兼太子太保，而丁汝夔、杨守谦被判死罪。
世宗奋发图强，谋划反击鞑靼，他改革兵制，改十二团营为三大营，任命仇鸾为都督，吏部右侍郎王邦瑞为兵部左侍郎兼右都御史，一起料理军务。以前的翰林编修赵时春、主事申旞，因为知晓兵事，添补为兵部主事，巡视营务。凡是仇鸾对世宗说的，世宗没有不听从的，世宗赐给他金质的图书，和他秘密讨论政务。
而仇鸾从这个时候开始谋划着大学士严嵩争斗，仇鸾收受了很多军中将领的贿赂，上奏提拔他们，使鞑靼的势力更加嚣张。陕西有很多知道仇鸾和鞑靼勾结的人。仇鸾害怕被发觉，便说：“不久前营制一新，我奉严厉的圣旨，想要一改从前士兵们贪图安逸的习惯。但我顾虑到人情，担心有人会诽谤我。我乞求皇上命令我等不要有所避讳，并惩治那些传播谣言的人。”世宗同意了，答复说：“朕允许仇鸾自行推举将领，不必经过兵部的同意。但仇鸾一定要把鞑靼驱逐到三千里外，像先祖的时候那样。”仇鸾对答说：“现在是冬天，鞑靼的马正肥壮，请在来年春天的时候给我假期，我将选拔名臣到宣大、中地等地，观察鞑靼的动向，逼退他们，一定不让皇上担心北方的形势。”世宗看到了很高兴，夸奖了他，并把仇鸾的答复给兵部传阅。不久，申燧上书谈论军事事务，暗中影射仇鸾。世宗把这封奏疏给仇鸾看，仇鸾就向世宗进谗言。
于是，世宗把申燧下镇抚司拷讯，因为这件事，朝廷革除了三大营的巡视官。其后，仇鸾的上疏都由世宗在内廷批示，不下兵部讨论。次年，仇鸾提督京营戎政，欲图节制九边诸将，王邦瑞力执不可，上疏弹劾仇鸾“跋扈不道”，仇鸾反而暗中向世宗中伤他。世宗最终夺王邦瑞官，导致戎政上仇鸾一人独大的局面终于形成。
马市议成，朝廷让经略侍郎史道主持这件事，兵部主事杨继盛劝谏阻止它，被贬为狄道典史了。而仇鸾还在世宗面前吹嘘说自己正在谋划攻打敌人，关于调度士兵、修整车马所说的话，都荒诞不经，不是好计策，但兵部不敢完全阻止仇鸾的提议，而世宗又命令兵部都听从仇鸾。仇鸾不能向蒙古人射一支箭，蒙古人借着马市随意往来，卖给我国的马不是瘦的就是老的，掳掠的财物不可胜计，还获得几十万