抚，解散二万余人，自此川陕悉平，汉中等处各立生祠祀之。
蓝章自巡抚陕西以来，久驻汉中，一面剿贼，一面浚洛丰之水灌三州田，筑兴平诸路墙，以防响马，益冬衣布花，恤三边军士；开长安书院，课八郡诸生，救荒蠲租，旌节、奖善诸政，先后兴办，莫可殚述。自蓝廷瑞鄢本恕起义爆发以来，汉中地方连年凶荒，十室九空，蓝章上疏请发内帑赈济，疏略曰：“今汉中饥民，多流移西乡巴山。西凤饥民，流移商洛终南山，寻野菜掘取蕨根以为食用。痛恨之声，菜色之状，非惟不忍见闻，亦不忍言之也。倘遇奸人，乘此鼓舞，则蓝鄢之害，又在旦夕，是邻境之患未除，而萧墙之祸复萌，眼前之病未治，而心腹之病大作”。疏奏不报。
廖麻子、喻老人等起兵作乱，祸害一时，司礼监太监萧敬传旨，造一百五十七间毡帐，蓝章上疏请罢，略称：毡帐非但工程浩大，所费钱粮数多，且日短天寒，地方多事，铺花人匠，多系戍守边军，而西安等府卫各处地方，密迩多边，所在居民，供给军响不前，况连岁凶荒，科差繁重，今汉中等处，寇贼未宁，甘肃各边，声息日至，斗粟值银三四钱，民穷财尽，未有甚于此时者也。凡百宽免，支意供边，尚不能济事，若再起雇夫匠，令派马骡物料，诚恐凋弊之民，不堪重困，贻累地方，不可胜言。疏奏，而镇守太监廖堂，即希旨力为督催，刻期进缴，骚然靡宁。蓝章遂上旨乞休，不允。
升南京刑部右侍郎，奉敕兼都察院左佥都御史，清理两淮长芦处盐法及漕运。条奏四事，以清本原，曰“聚团煎办，严核掣放，禁约提单、杜绝买补”，所奏切中时弊，上书朝廷但不被采纳，于是三疏乞休。
筑华阳书院于崂山华阳山下，为子弟读书之所，聘请名儒教授子弟。华阳书院占地亩余，据山之半，背崖俯溪，松风竹影，颇擅胜致。东西两排，各三间，取名紫云阁、文昌阁，山之巅勒有四字曰“羽化登仙”，书院南溪边石上，刻有“谈经地”、“枕石漱流”、“曲水流觞”等石刻；东下石上刻有“松关”、“八仙台”、“仙境”等字，皆为蓝章所书。
蓝章之子蓝田、蓝囦、蓝因皆读书于此：蓝囦，字深甫，号南泉，又号巨峰，明选贡生，着有《巨峰诗集》；蓝因，字征甫，号东泉，明官生，与兄蓝田、