，完工后，进为副都御史，过了三年，改派巡抚山西。经过一年敌寇没有犯边，朝廷认为是曾铣的功劳，进职为兵部侍郎，依然负巡抚之任。敌寇十万多骑兵从宁塞营入侵，大肆侵掠延安、庆阳境地，曾铣率兵数千驻守塞门，而派遣前参将李珍捣毁敌巢于马梁山北，杀敌一百多人。敌寇听说后，才开始逃遁，捷报奏上皇帝，赏赐他银币。既而敌寇多次入侵，游击高极战死，副总兵肖汉败绩，曾铣上疏皇帝报告诸将的罪状，被按兵律罚治。当时，河套敌寇在近塞放牧，零散骑兵往来，居民不敢樵采，曾铣正在修筑边塞，怕被他们扰乱，于是选精兵打击他们。敌寇逐渐退到北方，间或用轻骑入侵抢掠，曾铣又率领诸军将他们驱赶到远处。参将李珍和韩钦多有功劳，皇帝下诏增加曾铣的薪俸一级，赐银币有加。
曾铣向来喜好功名，又感到皇帝的知遇，更加想有所报达，考虑敌寇占据河套，长久为患中国，于是向皇帝上疏说“：敌贼占据河套，侵扰边疆将近有百年。孝宗想收复而不能，武宗想征讨而没有实现，让吉囊占据作为巢穴。他们出河套则侵略宣、大、三关，以威震畿辅；入河套则入侵延、宁、甘、固，以扰乱关中。深山大川，形势有利于敌而不利于我。封疆之臣当中还没有对陛下说要收复河套的人，因为这是军兴重务；小有挫折损失，灾祸就会接踵到来，鼎烹刀锯，前后受刑。我并不是不知道兵凶战危，而枕戈汗马，切齿痛心已经有些日子了。私下曾谋划着这件事：秋高马肥，弓矢劲利，他们聚集而进攻我们，而我们则分散而防守，让他们占上风；冬深水枯，马无隔夜之粮，春寒阴雨，土地没有干燥的地方，他们的优势渐弱，我们利用这一时机，则中国占优势。我请求用精兵六万，加以山东枪手二千，每当春夏之交，携带五十天的粮饷，水陆交进，直捣他们巢穴。步骑齐发，炮火如雷激荡，则敌寇就不能支撑。这是一劳永逸的办法，万世社稷所依赖的。”于是逐条奏上八项建议。
这时，曾铣与延绥、宁夏抚臣想西从定边营，东到黄甫川一千五百里，修筑边墙防御敌寇，请求金币数十万，打算三年完工。奏章一并下到兵部。部臣感到困难，请求下令诸镇文武将吏协议。皇帝下诏书告知说“：敌贼占据河套为患中国已经很久了，我日夜惦念这件事，边臣没有分担主子忧愁的人