。刘、李二人不计较私人恩怨，大力为江辩护，将他救了出来，他的为人，使朝中上下十分信服。
蒙古骑兵南下侵犯明朝，大同告急，京师戒严，刘健与李东阳、谢迁受孝宗召见，商议对策，最终决定罢黜遂安伯陈韶等三人，另用颇有武干且“清慎守法”的镇远侯顾溥总督团营，以整顿京营军务。孝宗在位末期，倦于上朝，刘健等人屡次以此进言，但孝宗并不采纳，只是颔首而已。孝宗想增加军饷，让大臣们商议，刘健力主减轻百姓负担，通过缩减宫廷费用、土木工程、裁减冗官等保证军饷供应，都被孝宗接受。
《大明会典》修成后，刘健加少师兼太子太师，任吏部尚书、华盖殿大学士，还和李东阳、谢迁都被赏赐蟒衣，这也是明朝内阁大臣受赐蟒衣的开始。当时，刘健、李东阳、谢迁三人同心辅政，尽职尽责，竭尽所能，知无不言，开始的时候孝宗还不是全部接受，后来由于他们所奏都见成效，于是再有所奏，孝宗无所不纳，还尊敬地称呼刘健为“先生”。刘健每次进见，孝宗都屏退左右和他密谈，无论是刘健提出或是罢免文武大臣，还是他所建议实行的政治措施，孝宗绝大部分都能接受。
孝宗驾崩，遗诏命刘健等辅政，孝宗死后，由朱厚照即位，即武宗。武宗被身边以刘瑾为首的宦官诱惑，贪玩享乐，不理政事，刘瑾便与马永成、谷大用、魏彬、张永、邱聚、高凤、罗祥等八人乘机干预朝政。刘健等人多次上书要求武宗上朝处理政务，清理后宫的玩乐设备，武宗总是表面答应，实际并不执行，反而变本加厉地在后宫玩乐。身负先帝重托的刘健看着年轻的武宗这么不争气，十分自责，于是只得上书请求退休，武宗婉言相留，但仍然不理朝政。
于是，刘健等人不断上疏，指出政令错误的地方，尤其指斥贵戚、宦官。由于奏章很多，呼声很高，武宗迫不得已，假装命令下面商议。刘健十分失望，再次请求退休回家养老，李东阳、谢迁也跟着提出退休，武宗没有办法，只得按刘健等的意见处理朝政。刘健等人眼看武宗被宦官诱惑，沉迷享乐，不理朝政，于是决心铲除“八党”，朝中大臣纷纷响应。刘瑾等人非常害怕，于是哭着向武宗求救，武宗听了他们的哭诉，非常恼怒，于是下令将部分反对宦官很积极的官员下狱。“八党”不仅没有除掉