两广总督张经接受，转呈中央，成为朝廷的国策。翁万达遂被推荐为征南副使，成为征南大本营决策层中的智囊以及广西一路前线的指挥官，在征南一役中，翁万达先平定与莫登庸互为呼应的少数民族上层的叛乱，并实行策反，兵不刃血迫使莫登庸乞降。两广总督张经大称之：“翁君神算也。”班师论功，翁万达功居第一，毛伯温上奏，朱厚熜大喜，擢升其任四川按察使，次年，先后转任陕西左、右布政使。
从44岁至51岁为川、陕巡抚，宣、大总督，入掌本兵时期，由于安南一役受知于朱厚熜，翁万达开始步步荣升，由四川按察使、陕西布政使，一跃而为右副都御史，巡抚陕西。不久又被擢升为兵部右侍郎，兼右佥都御史，总督宣、大、偏、保军务，即三边总督，最后还被任命为兵部尚书。这中间，还曾半载两迁，由于练达夷情，深谙边务，翁万达率领明军赢得了多次胜利，包括：铁裹门鏖兵、鹁鸽峪血战、阳和退顽敌、曹家庄大捷等。
同时，翁万达嫉奸锄暴，宣府总兵部永、副总兵姜爽与豪宗恶少盘居城中，多方盘剥致万军茹苦，翁万达上书弹劾，直至罢其官，撤其职。大同和川王府奉国将军充灼等通敌谋反，约为内应，翁万达发觉后，一面秘密地按名捕获反者，一面发兵埋伏于各关隘，迎击如约进犯的敌兵，终大获全胜。翁万达督边六载，主要对手是蒙古鞑靼部的俺答汗，其时，俺答虽“势方张，控弦数十万”，但总不敢大规模进犯，边关一度出现了升平景象。
从52岁至55岁为丁忧、起复、罢官时期，曹家庄大捷后，朱厚熜授予翁万达兵部尚书之职。不久，又召其回京“入掌本兵”，主持兵部大事，父亲去世他遂于年底南归奔丧。俺答汗得知翁万达离开边关，即兴兵犯境，在他归乡后，大同失守。朱厚熜不顾“终制”，急诏翁万达返抵边关，掌其督抚重任，翁万达因丧期未满，又加之背疽发作，所以匆忙修书，派义子翁从云携带《乞恩陈情终制疏》上京，请求“待三年服阕而后起用”。翁从云至河间府地界遇盗，失落表疏；尚未抵京，而俺答已从古北口“溃墙南下，直薄都城”。朱厚熜又连下两道金牌，催促翁万达起程，翁万达命侄翁思远带《题知起程疏》先行赴京。由于翁万达家处“岭海极南之地，去京万里，虽间道兼程，犹必历四十一