秩序的问题暗示，魏彬等唯唯听命。朱厚照驾崩，杨廷和引《皇明祖训》“兄终弟及”为据，请立武宗从弟兴献王长子朱厚熜继统，得到皇太后张氏准许，由其拟发遗诏，迎候朱厚熜自兴王府所在地安陆府回京继位。
杨廷和根据遗诏命太监张永、武定侯郭勋、安边伯许泰、尚书王宪挑选各营兵马，分布在皇城的四门、京城的九门及南北要害地带，厂、卫御史安排他们的部下四处巡逻防备；又传达朱厚照遗令，裁汰威武营的各团练部队，周边部队入卫京师的都给以重赏，然后各归本镇；废除皇家商店和军门办事官校，原办事人员全部遣回家乡所在的卫所；哈密、吐鲁番、佛郎机各国进贡使臣都给以奖励，送他们回国，豹房的番僧及少林僧、教坊的乐队、南京的快马船等，凡不是经常例设置的，一切都被裁撤、解散；又按照武宗遗诏，释放南京被逮捕、关押的囚犯；送回各地进献的女子；停止京城里不急需的工程建设；收回了宣府行宫中的金银宝贝，放回到内库中，这些措施使朝野上下人心大快。
杨廷和总揽朝政三十七日，朱厚熜才入京登上帝位，杨廷和起草了登极诏书递上去，文书房的官员忽然到内阁来，说想把诏书中几件不便利的事删除。杨廷和说：“以前有了不同意见，你们动不动说是陛下的意思，现在也是新天子的意思？我们一会祝贺新天子即位后，当面上奏，要问一问是谁想删削诏书草稿。”蒋冕、毛纪也相继陈述利害，来人无言以对。过后诏书发布下来，正德年间的弊端几乎被淘汰净尽，所裁减的锦衣各卫所、内监局的旗校工役人数达十四万八千七百，节省漕运粮食达一百五十三万二千余石，那些宦官、义子及奉特别诏命而侥幸做了官的人大半以上被排除了。
朝廷内外都称颂新天子是个圣人，并且称赞杨廷和的功德，而那些丢了官的人们对杨廷和恨入骨髓，杨廷和上朝时有人身带利刃在轿旁窥视，朱厚熜知道后，命令从京营中选一百名士卒保护廷和出入。朱厚熜到经筵讲习，杨廷和负责经筵事宜，编修《武宗实录》，也由杨廷和担任总裁。杨廷和此前已被加封为特进，一品官满九年时，同时领取大学士的俸禄，朱厚熜亲自颁布敕令做了表彰。此时，杨廷和又被加封为左柱国，朱厚熜再三召见他谈话，对他格外加以慰劳，杨廷和因此更加想要有所