主张，便提拔正直的官员上来，在朝廷中分掌各种事务。
给事中、御史们递上奏章检举了王琼的罪证，王琼被投入京城的大牢中，王琼于窘迫之下上书攻击杨廷和，来为自己开脱。法司用奸党的条例判王琼死刑，王琼极力为自己辩护，得以减免罪过，充军边疆。有人怀疑法司断案得到过杨廷和的示意。正好石珤以礼部尚书的名义掌詹事府事务，即将改任吏部尚书，杨廷和又奏请朱厚熜改派他掌管詹事司的诰敕，有人因此说杨廷和太独断了。
杨廷和认为朱厚熜虽然年轻，但天性灵明，所以他自信可以辅佐朱厚熜致天下于太平，因而事事都有所劝谏。钱宁、江彬虽然被杀，但张锐、张忠、于经、许泰等的官司久不能决，杨廷和等人说：“不杀了这些人，国家的法律就不算正大，天下的公道就不算彰明，祖庙的神灵不安，百姓的心里不服，祸乱的根源还算未除，太平政治就不会实现。”朱厚熜于是命令抄没了他们的家产，杨廷和又上书请朱厚熜严肃对待上天的告诫，遵循祖上的家训，弘扬孝道，善保身体，教育人民知理行义，自己也要勤于学问，谨慎地发号施令，严明地推行赏罚，任用人要专一，不好听的劝告也要听，亲近好人，节约财用，其中言语大多正直、切实，朱厚熜都优诏允准。
在此之前，朱厚照驾崩，杨廷和起草遗诏，说“皇考孝宗敬皇帝亲弟兴献王长子某”，按照辈份、排行应该立为皇帝。按照《皇明祖训》中兄终弟及的条例，在宗庙里祭告祖宗，向慈寿皇太后告请之后，可迎接他来即皇帝位。既而让礼官奏上登基即位的礼仪程式，请新皇帝由东安门进入文华殿小住。次日，百官数次递上劝进表，等新皇帝答应后，再选择吉日即位。劝进表文字都按照皇子继位的惯例。朱厚熜看了礼部的奏章，说：“遗诏让我即皇帝位，没有让我做皇子嘛。”等到了京师，停在城外不进去。
杨廷和坚决请求按礼部拟定的仪式办，朱厚熜不听，竟到行殿中接受了劝进表，由大明门直入京师里边，拜见了大行皇帝的神前案几，中午就即了帝位。诏书草稿中说到“接受皇兄的遗诏入宫供奉宗庙”。朱厚熜犹豫许久，才表示“可以”。过了三天，派遣官员前去迎接朱厚熜的母亲兴献王妃。没多少天，让礼官讨论兴献王神主的称号。杨廷和拿出汉代定陶王、