《太湖诗卷》《箜篌引》《赤壁赋》等，所书“六体书诗赋卷”“草书杜甫诗卷”“古诗十九首”“草书唐人诗卷”及“草书诗翰卷”等皆为传世墨宝。坊间流传着一句话：“唐伯虎的画，祝允明的字”，祝允明所书写的《草书杜甫诗卷》、《古诗十九首》等，均是精品之作。
祝允明，对他影响最大的是外祖父徐有贞和岳父李应祯两人：徐有贞擅长行草书，他的行草主要师法唐朝的怀素和宋朝的米芾，用笔直率而华美，结构潇洒多姿，很得古雅之气。在祝允明二岁时，徐有贞奉诏回苏州闲居，祝允明时常寄宿在外公家里，因此徐有贞的书法风格对他影响是很深远的；李应祯也是一个有名的书法家，祝允明也一直得到李应祯的指导，在跟从岳父学书的十几年中，李应祯对于祝允明在书法的发展上起了很大的作用。
据文徵明的记载，李应祯在晚年告诉他，说自己学习书法四十年才开始有所得，并向文徵明论述了书法上的很多道理。他留下的尺牍，秀丽而又有气度，行笔自然大方，横向取势的撇、捺、横都很生动有致，字的大小，粗细变化自然，他这种富于抒情性的行草书对祝允明也有很深的影响。祝允明自己谈幼年时学习书法，说前辈不让他学习近代人的字，看到的都是晋唐人的字帖，所指的应该是楷书的学习。应该说祝允明幼年在两位前辈的指导下，打下了很好的底子，为日后的发展作了铺垫，同时两人的书风的优点也传给了祝允明。
祝允明，书法主要成就在于狂草和楷书：狂草来自怀素、张旭，更多的是接近黄山谷，提按和使转的笔法交互使用，行与行之间的距离很紧，形成一种汪洋恣肆的视觉效果。更难得的是楷书又写得相当严谨，有晋唐人的古雅气息。这种反差很大的综合素养与唐代的张旭十分相似，如《草书自诗卷》《致元和手札》《草书千字文卷》《王文恪公卷》等。