，说杨金英等人是按照王宁嫔指示进行刺杀，又说曹端妃虽没有参与，却知情不报，罪加一等。当时，世宗惊慌不能言语，方皇后遂传帝命，将曹端妃、王宁嫔及杨金英等人全部处死，并且诛其亲族十余人，然而实际上，曹端妃其实并不知杨金英等人的谋杀，后来世宗才得知其冤。
孝烈方皇后病死，而不是野史中的被火烧死，记载皇后被火烧的是出自明末清初毛奇龄编的胜朝彤史拾遗记，明朝进士何乔远所写的《十三朝遗史》也记载说，方皇后所住的坤宁宫突然失火，而且火势很猛，世宗就住在坤宁宫左侧的万寿宫，看着汹汹的火焰，世宗明知道方皇后就住在其内，却不让人去救火，还说烧了旧宫，可以再造一座新宫，导致方皇后与数百宫女活活烧死。后人推测，这场大火很可能是世宗授意放的，以为“壬寅宫变”中被方皇后借机处死的宠妃曹端妃报仇。
嘉靖皇帝亲自制定追谥的礼节，并且等待礼仪完毕，还颁诏天下，等到出了丧期，礼部的大臣按照制度应该把孝烈皇后的神主，安放在奉先殿的东侧室，皇帝说，东侧室，不是正殿，孝烈皇后应该祔太庙。于是，大学士严嵩等请求把孝烈皇帝神主设位于太庙东，皇帝母亲献皇后的神位旁边，宪宗邵皇太后明世宗亲祖母右册，以从祔于祖姑之义。皇帝说祔礼是很正式隆重的事情，不可以随随便便，皇后不是皇帝，是陪从皇帝的，要有一定次序，哪里有随便祔礼在其他皇后旁边的道理，应该按照朕的次序祔礼，不能随便乱来。严嵩说，祔礼的顺序，不是臣下随随便便说的，所以还是按照先朝惯例比较妥当，还是祔礼在世宗母亲献皇后旁边。
世宗还是想把孝烈皇后祔礼在太庙，尚书徐阶说，这不可行，给事中杨思忠同意尚书徐阶的意见，其他人都不说话。后来大臣上疏说，孝烈皇后位居中宫，按照礼仪制度可以祔礼太庙，但是涉及到皇帝的数位皇后次序，这样我们臣子的意见，还是应该遵照先祖惯例，不应该破坏这样的规定，皇帝震怒。这时，徐阶、杨思忠惶恐进言，周代建立天子九庙，三昭三穆，本朝的祖庙，是一个宫堂，但是不同宫室，跟周礼不同，今天太庙九个位置都满了，如果按照当今皇帝的辈分，仁宗皇帝应该当祧，因为仁宗是陛下的五世祖，如果在太庙增加两个位置，那么仁宗神位可不必祧，孝烈