第一件事就是兴办学校，培养后进；第二件事是整治恶吏，平反冤狱，把无辜办了死罪的三十余人省释出狱，为无辜受诬入狱的一百零七人平了反，把鱼肉百姓的恶吏和捕卒快手严加法办。每次审判听讼都让妇女儿童环立案前，不用官话而用吴语审讯，以便百姓申诉。常常当堂决断，而极少具狱。对已入狱者按律令给衣食。一重囚母死，归有光准许他回家料理丧事后自己返回，那重囚料理完丧事后不听旁人嗾使，竟然自己返回。
归有光一心想学习两汉循吏，做廉洁刚正之官，上司之命若不便施行便搁置不办，而“直行己意”，他公开在《长兴县编审告示》中宣布：“当职谬寄百里之命，止知奉朝廷法令，以抚养小民；不敢阿意上官，以求保荐，是非毁誉，置之度外，不恤也。”在知长兴的短短两年中，归有光颇着政绩，深受百姓拥戴，但是这却召来豪强、大吏的不满。
六十三岁的归有光，终因得罪豪强和上官，而被调任顺德府通判，管理马政。按明制，“进士为令，无为迁倅”。所以归有光的升迁实为重抑。对这一不公平的降职，归有光非常愤慨，他曾气愤地说：“号称三辅近，不异湘水投。”并连上两疏要求辞官，但被朝廷公卿扣压不能上达，归有光抵任后，筑土室一间，整日躲在其中，读书自娱，以示不满。归有光虽然对迁升顺德通判大为不满，但一到任上却还是兢兢业业，一丝不苟，他利用马政通判的清闲，广阅史籍，采访掌故，修了一部完备的《马政志》。
归有光到北京朝贺万寿节，受大学士高拱、赵贞吉推荐，升为南京太仆寺寺丞。后来，又被首辅李春芳留在内阁，掌内阁制敕房，纂修《世宗实录》，身列文学侍从之位。归有光仕途晚达，十分兴奋，期望自己能借机阅读许多内府秘藏，在学术上获得更深的造诣，但终因劳累过度，在敕房任职仅一年，便身染重病，抱恨而逝，时年六十六岁，死后葬于昆山城东南门内金潼里。
归有光均崇尚唐宋古文，其散文风格朴实，感情真挚，是明代“唐宋派”代表作家，被称为“今之欧阳修”，后人称赞其散文为“明文第一”，与唐顺之、王慎中并称为“嘉靖三大家”，着有《震川先生集》、《三吴水利录》等。