祯及崇明知县唐一岑。因兵力悬殊，战败失利，因此遭御史赵炳然弹劾被革职，朝廷责令卢镗在军中戴罪立功。
兵部尚书张经总督浙闽军务，擢升卢镗为参将，分守浙东海滨诸府、县。此时，王直逃到日本萨摩州松浦津，潜号曰京，自称徽王，封徐海、叶宗满等为将领，陈东、谢和等为谋士，建造巨舰，继续派部下和倭寇一起骚扰江、浙沿海。都御史王忬在长涂、沈家门一线设防，王直派萧显率部入浙，在普陀山附近洋面与官军发生激战后，弃舟登上普陀山。参将俞大猷统兵追击，萧显部据险固守茶山十余天后，大批倭寇抵达普陀山，上下夹击明军，官军黎俊民等先后战死。卢镗率部飞驰增援，萧显和倭寇从海上逃窜，卢镗率军包抄阻击，歼灭敌寇二百余名。
盘据柘林、普陀等地的倭寇不时攻掠乍浦、海宁、德清、杭州等地。官军议定分进合击的作战方略，歼倭于嘉兴与平望一带，卢镗受命率军协迫倭寇进入王江泾地域，防止他们向杭州方向窜犯；参将汤克宽领水师由乍浦向嘉兴行动，寻敌作战。卢镗进兵至石塘湾，设伏待敌，果然不出所料，倭寇四千余人自柘林出发，避开明军防线，分路袭扰李塔汇、张庄、小昆山等地，旋自茆湖北上，欲攻苏州。官军接战倭寇于陆泾坝，倭寇不敌，收兵南下，突袭嘉兴，进入卢镗的伏击地域。
卢镗督率狼兵、官兵发起攻击，按预定企图将倭寇向嘉兴以北压迫，并尾追不舍，汤克宽按计划向王江泾前进。张经派遣卢镗与俞大猷所督永顺援军分进合击，大败倭寇于王江泾，斩寇一千九百余人，焚溺死者不计其数。海盗林碧川出没台州外海，卢镗遣都指挥王沛在大陈山海滩大败林碧川，贼兵弃舟登山顽抗，官军尽毁其舟。卢镗督师会剿，于石墙墩痛击倭寇，斩首二百余，生擒林碧川等盗首，其余倭寇尽皆歼灭。不久，倭寇又纠集队伍掠夺浙东沿海诸县，进剿中兵败失利，卢镗再次被夺职戴罪。
兵部右侍郎兼总督江浙事务的胡宗宪，荐擢卢镗协守江浙副总兵，卢镗与定海知县宋继祖合力进剿盘踞谢浦之倭巢。卢镗募集义勇扩充兵力，在海上用火枪、火箭射烧倭船；在陆上利用大青岙、陈夹岙等隐蔽山岙伏兵，以放火为号，海陆同时发起进攻。卢镗又设法召来乡民千余人，在向倭寇进攻时呐喊助威。如此一来