终使福建全境倭患平息。
在戚继光亲自督兵下领陆军抗击据南澳的大海盗吴平，统主兵四部驻扎云霄岭，围困南澳。统督三路策应奇兵，捷于龙沙眼又败吴平于宰猪澳。此场战争异常激烈，李超指挥军队殊死血战，斩敌1203级，焚溺2000余人，接着又追剿残敌于柘林、凤凰山、硫黄等地。在硫黄时，“粮尽乏食”，李超依然独统六总，追击敌人，追敌至广东绵羊寨，李超此战中立下首功，受到朝廷嘉奖。
李超因事被弹劾，又以“原参将”的名义与杭嘉湖参将胡守仁一起，带领从宁、绍、台、温、金、衢等处招募的鸟铳手3000人奔赴蓟北，驰援北疆，成为谭纶和戚继光的左膀右臂。此间，他先后担任蓟镇西路南兵营副总兵、西路协守副总兵，协守石塘岭、古北口、曹家寨、墙子岭四路，成为戍守蓟镇的重要将领。谭纶称赞他：“忠诚许国，勇略绝人。抵掌谈兵，允矣有能之将；借筹布阵，伟哉节制之师。久着名于江南，行扬威于漠北。”已然是一位大将的形象。
与胡守仁在戚继光的领导下，一边训练兵卒，一边督建工程，将台州府城墙空心敌台的修建经验运用到北方长城的修建上，两人一共负责督造敌台366座。他们还将戚继光关于将帅的选拔培养、素质修养和必备条件等训示一一记录下来，辑为《练兵实纪》之《登坛口授》卷。谭纶上表称李超“英敏长才，恢弘远志，虎钤豹略，悉淹贯于胸中”“即登坛于年少，居然老将之风”。
此后，李超升任全浙护军，驻守定海，历任十年，功勋卓着，再升任京城卫军都督，提督京营。又从提督京城巡捕署都督佥事升为南京前军都督府佥书，任职期间，史书云“一时倚为长城”，可见其功劳之着。后来，因病辞官归里，朝廷优旨加特进柱国、光禄大夫，卒于家。