陈矩以掌东厂兼掌司礼监印，集纠政、监察大权于一身，这在明代宦官中也是少有的，虽然如此，他并没有滥用权力，而是力图救正时弊缺失。当时，矿税使流毒天下，民不堪命，许多廷臣先后疏谏，神宗都给予重惩，当大学士沈鲤进谏时，陈矩支持他，亦帮助进言，于是矿税在不久后得到停止。参政姜士昌上疏触怒了皇帝，神宗要廷杖他，陈矩想，上次杖打王德完的时候，我就和太监田义极力加以劝阻，现在我当司礼监掌印，怎能让廷杖朝臣的事再次发生。于是他乘皇帝召见的机会，苦苦劝谏，终于阻住了这次廷杖发生，只把姜士昌谪为兴安典史。
云南发生民变，杀了贪酷虐民的矿税使杨荣，神宗震怒，连饭也不吃，要严查变乱情况，并逮捕地方官员到京师审判。当时，首辅沈一贯请了假，只有沈鲤在内阁，他不敢处置，把这事报告了陈矩，和他商议。陈矩便向皇帝密奏，说：“奉使的内臣当然是遵循法度，不敢胡作非为的，但他们的随从仆役，难免会有个别无知惹事。如果仅仅归罪于地方官员，派缇骑去逮捕他们到京审问，只怕往返路途遥远，弄得到处惊慌，传说纷纷，反而不妥，还是在当地调查清楚，从宽处理为好，这样对安抚边远地区也有好处。”神宗听他说得恳切有理，便采纳了他的意见，一场轩然大波就这样被他冷处理了。
福建矿税使高缴获了吕宋制造的器械和土特产，进送到京师，神宗让陈矩写票，“着内库查收”，陈矩奏称：“这是岛夷小丑的一点点东西，现在让内库收储，恐怕会使人误会，以为圣朝希罕这点怪异的东西。还是写着赃罚库查收为妥。”从这件事，也可见他处事时是考虑到大局，慎重稳妥。
陈矩主持大审，有个御史叫曹学程的，因为谏阻封日本酋关白的事得罪问斩，已经坐了将近十年牢，虽有不少大臣请求赦免，但皇帝都不准。司法部门请求陈矩放了他，陈矩抱歉地说他不敢，然而他秘密地向皇帝求了情，解释曹学程的冤枉，曹学程才终于被免了死刑，改判充军湖广宁远卫。
宫内有个传统习惯，就是在元宵灯节时，司礼监掌印太监等，各自摆设自己购得的器物、书画手卷册页之类，给皇上鉴赏。陈矩正好买到宋人所画的《鬼子母揭钵图》手卷，这幅画暗淡素朽之中，显得神采焕发，世尊的慈祥