陵寝的安全，杨博一面派兵严守银钗、马驿各山岭，一面加强居庸关南山的守备。为了堵绝蒙古人进入山西的通路，又修缮阳神等地的边墙和壕堑，在大同牛心山等地，筑成城堡九座、墩台九十二座，连接大同左卫的高山站，直抵大同镇城。同时疏浚了两条各长十八里的大壕、六十四条小壕，耗费五十天时间完工，受到朝廷嘉奖赏赐。
世宗几度想将杨博召回，又顾虑边境，便询问严嵩，严嵩一向不喜欢杨博，奏请命江东暂署兵部事务，等待防秋完毕后再慢慢计议，于是不召杨博，防秋完毕后，加封为太子太保，依然留任镇守。哱素把伶和叛人了都记等几度拥轻骑袭扰边关，杨博先后设计将其擒获，并几次派出骑兵袭击敌军，敌军稍稍迁移营帐。杨博倡议修筑前总督翁万达所创设的边墙，招回被敌军劫掠的百姓一千六百多人，又奏请疏通宣府、大同荒田的水利设施，少征租税，朝廷准奏，改任蓟辽总督。防秋再次完毕后，朝廷打算召回杨博，吏部尚书吴鹏不赞成，郑晓当时署理兵部事务，争辩道：“杨博在蓟、辽则蓟、辽安定，在兵部则九边都得平安。”杨博于是被召回，加封少保。
世宗曾对内阁大臣说：“自从杨博入朝，朕常常忧虑边关，与杨博议论让他预先谋划。”杨博进言：“当今九边，蓟镇最重要。臣奏请陛下敕令边臣驱逐大同的敌军，使他们不能接近蓟，宣、大诸位将领从独石侦察情况，在黄花、古北诸要害预先设防，不使一骑入关，便是首功。”世宗称是。
敌军拥众窥视蓟州，声称要进犯辽阳，蓟辽总督杨选率师东进，杨博传檄制止，又亲自给他写了三封信，杨选最终未听从意见。杨博抚摩着案几叹息：“败了啊！”紧急征兵增援，敌军已击溃墙子岭守军，进犯通州，世宗叹息道：“庚戌年的事情又重现了。”几路兵马先后赶到。任命宣、大总督江东统帅文武大臣分路驻守皇城、京城，镇远侯顾寰把京营兵分布在城内外，敌军受阻后向东而去，蹂躏顺义、三河，大肆劫掠之后退去。援兵不发一箭，沿途击毙零散的敌骑或伤残之敌报称首功，世宗怏怏不乐，告诉杨博说：“敌贼饱掠而去，以后怎么惩戒？”便诛杀了杨选。杨博担忧自己，而徐阶全力保护，世宗念及杨博之前的功绩，没有治罪，此后很久，杨博改任吏部尚书。
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