略安定，倭寇转移到了福建。从福宁到漳、泉地区，千里之地尽是倭寇的穴窟，戚继光逐渐剿灭了他们，部队刚刚凯旋，倭寇又侵犯邵武，攻陷了兴化。
朝廷再次启用谭纶，升任右佥都御史，辖治福建。倭寇驻扎在崎头城，都指挥欧阳深在激战中牺牲，倭寇占据了平海卫，攻陷了政和、寿宁，各自扼守海道作为退路，谭纶用栅栏环绕使他们的退路被截断。倭寇不能逃走，就转移到了渚林，戚继光赶到了，谭纶亲自统率中军进逼，总兵官刘显、俞大猷统率左、右军。他命令戚继光率中军进攻敌阵，左右军紧随其后，大败倭寇，光复了一府二县，诏令加封他为右副都御史。谭纶认为延平、建宁、汀州、邵武地区残破不堪，请求缓期征收已经蠲免的赋税，又考察旧制，建立了五座水寨，扼守海口，推荐戚继光担任总兵官镇守该地。倭寇又围攻仙游，谭纶、戚继光在城下大败敌人，不久戚继光在王仓坪、蔡丕岭打败倭寇，其余的敌人逃跑了，广东境内全部安定了。
谭纶出任原职，巡抚陕西，还没上任，大足县的民众就起义了，攻陷了七座城镇。朱厚熜诏令谭纶改任四川，他到任时，农民军已经被镇压。云南农民军的首领凤继祖逃入会理，谭纶调集军队讨伐并平定了他，谭纶被升任兵部右侍郎兼任右佥都御史，统辖两广的军务兼理广西，将岑岗的乱贼江月照等人招降了。谭纶熟悉兵事，朝廷依靠他对付倭寇，遇到警讯就调动他们，他任官没有满一年的，等到东南沿海的倭寇大略平定后，北部边关的祸患却方兴未艾。
给事中吴时来奏请征召谭纶、戚继光训练兵马，诏令谭纶回兵部，升任左侍郎兼任右佥都御史，总督蓟、辽、保定的军务。谭纶上奏说：“蓟镇、昌平的兵丁不满十万人，而且老弱者占一半，分别隶属几位将领，分散于二千里的防区。敌人集中兵力来攻，我们分兵防守，众寡强弱不等，所以言事者请求赶紧训练兵马。然而四大困难不解决，最终不能训练兵马。敌人擅长骑射，不招募三万人经常练习车战是不能制服敌人的。统计三万人的月饷，每年五十四万两白银，这是一大困难。燕、赵的兵丁的锐气在边防中耗尽了，不招募一万二千多名熟谙战事的吴、越士兵，掺杂在他们中间教练他们，必然难以成事。我与戚继光受召就可以立马赶到，议论的人认为不可