能，不始终信任，这是第二大困难。军事崇尚严格，然而燕、赵的士卒一向骄惯，骤然被处以军法必然大为震惊骇然。况且又离京城很近，容易产生流言蜚语，徒然使忠诚、明智的士卒受到掣肘而废弃了功力，进而酿成其他祸患，这是第三大困难。我方兵士一向没有直接与敌作战，就是打败了敌人，敌人不心服，能够再次打败敌人，才能使敌人终身受创，但是这容易产生忌恨与妒嫉；想再有作为，祸患已经先到了。这是第四大困难。按现在的情况考虑，请求调集蓟镇、真定、大名、井陉和督抚的标兵三万人，分成三个营，指令总兵、参将、游击分别统率他们，而且授予戚继光总理练兵的职责。春季与秋季两个防御期，三营的兵马各自调至边关附近。敌人来了就能将他们遏制在关外，敌人攻进来了就能与他们在关内决一死战。这两方面没有效果，我不逃避罪责。而且训练兵马不是一朝一夕的事，现在秋季防御已经临近，请迅速调集三千名浙江兵，以缓解急迫的形势。三年之后，边防军训练好了就遣返浙江兵。”
嘉靖帝下诏全部同意了他的请求，仍指令谭纶、戚继光商讨分别成立三个营的事情，谭纶趁机说：“蓟镇训练了十多年的兵马，然而最终不见成效，是因为任务不专一，训练也不落实。现在应该责令臣谭纶与戚继光，专门负责，不要让巡按、巡关的御史参与到这中间。”自从战争兴起，边防大臣受舆论的牵制，不能有所作为，所以谭纶上奏陈述此事。而且巡抚刘应节果然有不同的意见，巡按御史刘随、巡关御史孙代又弹劾谭纶专横。朱载垕采纳了张居正的意见，将练兵作战的事情全部委托给了谭纶，并且告诫刘应节等人不要阻挠。
谭纶考虑边地关隘、要道的险易，道路的远近，将蓟镇分成十二防区，每个区设置一名小将，全军总共分成三个营：东营驻扎在建昌守备燕河以东的地区，中营驻扎在三屯守备马兰、松太地区，西营驻扎在石匣守备曹墙、古石地区。各位将领时常率兵操练，互相声援，管理办法周到明了。当年秋季，蓟镇、昌平地区没有警讯。过去调集陕西、河间、正定的兵马进行秋季防卫，到如今就全部罢除了。
谭纶刚刚上任在关塞巡视，对身边的将领说：“秣马厉兵，决定胜负于呼吸之间的方法适宜于南方；坚壁清野，钳制侵略之敌的方法