适宜于北方。”于是他与戚继光谋划制订作战的方针、策略，并报告给朝廷，修筑了三千多个屯兵御敌台，从居庸关到山海关，控制着要害地区。谭纶被召到京城担任右都御史兼任兵部左侍郎，协助处理军务，御敌台修成，他又招募了九千多名浙江兵驻守。边防经过此番大整治，敌人不敢前来侵犯。他因功升任兵部尚书，兼任右都御史，协助处理原来的事务。同年冬，朱载垕允许他回乡休假。
神宗朱翊钧继位后，谭纶出任兵部尚书，被加封为太子少保。给事中雒遵弹劾谭纶不称职，谭纶多次上奏请求罢职，万历帝下优诏挽留他。谭纶在任上去世，朱翊钧命赐祭葬，追赠太子太保，谥号“襄敏”，允许其子孙世袭锦衣卫百户。