局势下，除掉严党时机成熟，在次辅徐阶的授意下，邹应龙上奏皇帝，弹劾严嵩之子严世蕃，各种祸害国家和百姓的劣行，并在奏疏的最后补充道：“如果臣说的有一句是假话，就把臣的头砍下来”。邹应龙的奏疏在合适的机会，对严党亮出了刀子。之后，嘉靖皇帝勒令严嵩致仕，并把严党的智囊首脑严世蕃打入诏狱，在徐阶和的邹应龙努力下，严世蕃、罗龙文被斩首，严党大势已去，连根被拔掉。
邹应龙因秉公执法，不徇私情，劝东厂太监冯保收敛，遭到冯保的忌恨。万历初，应龙奉命平定了云南铁索管及拇拨等人的叛乱，后“往剿广南依兵”，部将被依兵所败，巡按御史郭廷捂、给事中裴应章等人弹劝邹应龙，随后“削籍”为民，卒于家。
陕西巡抚王璇上奏，“应龙殁后，遗田不及数亩，遗址不过数楹，恤典未被，朝野所恨”。神宗下诏，“命复应龙官，赐祭葬”。邹应龙为人秉直，善于谏言，嘉靖年间多次重大清污行动中，多事邹应龙所谏。