蒙古草原进行反突击，以劫掠马匹和焚烧草场为作战目标，最大限度摧毁蒙古人的作战资源，而当蒙古军南下侵扰时，切忌闭关消极防守，而是要以长途奔袭，断绝蒙古军后路，聚歼蒙古军有生力量为目的。诚如他自己所言：“克掳之道，重在料敌先发，敌欲动我先动，以我火器骑射之长，克敌弓弩骑射之短，重创敌于塞上，方为制胜之法也。”
马芳的提议引起朝野的纷纷侧目，早在任参将的时候，御史夏阳就曾弹劾他“骄兵悍将，邀功贪战。”对其“以骑制骑”的战法，兵部侍郎赵应奎更斥为“沽名钓誉，不识边务。”论为官，马芳却颇为清廉，宣大总兵仇鸾在任时，山西当地将官每逢过年都要按惯例送礼，美其名曰“冬礼”，马芳非但不参与，更常找借口远避之。仇鸾获罪后，继任的宣大总督杨顺每逢蒙古骑兵侵扰时，只会闭关求太平，只在敌人退走后才作态追击，而且他时常命部下屠戮逃难的百姓，割头后剃发冒充蒙古兵以充边功，对此行为，马芳愤然抵制，严令属下“敢有随之杀良冒功者立斩”。因他清廉不冒功，仇鸾在时，曾夺他奇袭阿勒坦之功；杨顺在时，也曾牵连他因“坐连战败”而罚俸。马芳虽看似不懂人情，实际上颇有见识。他不“孝敬”仇鸾，因他深知仇鸾“性桀骜贪暴，势难长久也。”抵制杨顺“杀良”，更因他明白此举“必招怨怒，从之亦难免罪”。事实上，都御史方逢时及几任的兵部尚书王邦瑞、赵锦等皆与他交好，后来担任宣大总督的名将王崇古更将马芳“引以为知交”。
马芳每镇守一地，除悉心练兵防御外，更留心搜集当地珍奇土特产，用以馈赠各位“上级”，因此，他每每选将练兵，整饬军备，都“精兵良械优给之”。权臣严嵩之子严世蕃同样颇为忌惮马芳，曾告诫杨顺道：“虽表面憨鲁，实心细如发，更兼胸怀韬略，不可引之为仇也。”
而在此时，阿勒坦重开战端后，连年侵扰明朝边境，摧毁边镇堡垒无数，从二月至十月，连续对明朝宣府、大同、延绥、宁夏、甘肃五大军事防区进行掠夺式侵扰，所过之处“军堡尽毁，府库尽遭掠，黎民流离被掳者无数”。期间，明军总兵、参将、指挥等大小各级军官战死者数十人，军队损失惨重。
与此同时，马芳开始反击，阿勒坦故伎重演，绕过宣大防线，率骑