去虽快，却难逃马桂馨耳目。”
凭借正确的情报，马芳逐渐大胆实现他“先发制人”的战略，从担任参将开始，马芳就开始着手组建隶属于他的“家兵”。每当阿勒坦进犯的情报送来后，马芳立刻将他的“家兵”散布在明蒙交界的边境线上，组成数支三十至四十人的“小分队”，当阿勒坦大举进犯后，马芳的“家兵”立刻全线出动，对蒙古人的后方进行疯狂的报复性攻击，或抢夺马匹，或焚烧草场，或袭击阿勒坦的辎重粮草，与马芳的主力部队前后夹击，粉碎阿勒坦的入侵。担任宣府总兵后，马芳更加胆大，除了每年频繁的侵扰阿勒坦，更多次组织主力部队，对边境蒙古部落发动大规模的惩罚性袭击。
史载他“或躬督战，或遣婢将”，每年“数出师捣巢”，多次“多所斩获，寇大震”。规模最大时，马芳亲率大军奔袭四百里，捣毁内蒙古兴和地区的蒙古部落后，竟在当地旧堡垒遗址上“登高四望，耀兵而还”。马芳率主力出击内蒙北沙滩，意图重创阿勒坦主力，但阿勒坦却巧妙绕开马芳兵锋，奇袭马芳辖区宣府，攻破重镇隆庆，事后马芳因“坐寇入”之罪遭朝廷严斥，被夺去左都督职务，念及往昔战功被令“戴罪立功”。
自马芳担任宣府总兵后，阿勒坦的侵扰重点，就逐渐转向延绥、宁夏、甘肃等地区。受马芳影响，延绥总兵赵苛，大同总兵姜应熊等边将也屡次主动出击，对蒙古部落发动反攻，虽然有胜有败，但忌惮明军反扑的阿勒坦终不敢如往昔那般长驱直入，再加上蒙古部落连续数年频遭雪灾，导致阿勒坦数次南侵皆损失惨重，渐渐陷入颓势。
为扭转局面，阿勒坦集结十万骑兵，以其长子辛爱统帅，发动了对明朝边境重镇万全右卫的大规模攻击，马芳也因此迎来了他一生中最凶险一战——“马莲堡会战”。
万全右卫是明朝宣府西路长城的要冲，在明蒙战争中，它既是遏制蒙古军攻势的战略要地，更数次挫败蒙古军入侵。但阿勒坦竟一次动用了十万精骑的重兵，一旦万全右卫沦陷，阿勒坦此次南侵就将无后顾之忧，不但河北地区会惨遭涂毒，京城安全也将受严重威胁。战事爆发后，明朝迅速做出反应，兵部尚书杨博急命固原、延绥、宣府、大同、蓟镇五大总兵率精锐驰援，马芳率宣府军在正面迎击蒙古军主力，蓟镇