，叛军3万聚据罗山，他便命骁将麻贵率千人突袭，叛军转攻城北，叶梦熊亲自率军迎战，叛军大挫，退守宁夏镇城，双方对峙。魏学曾师久无功，被削职为民，由叶梦熊代行其职，赐“上方剑”，叶梦熊激励士气，筑堤引黄河水灌城。城内粮尽，叛军阵乱，梦熊亲冒矢石督战，用大炮攻焚城楼，击退叛军援兵2万，又以蜡丸封书射入城中，分化叛军，使其互相残杀。城内商民纷起响应，城破，宁夏乱平，捷报至京，朝野同庆。魏学曾得叶梦熊大力推举，官复原职，诸将各有封赏，叶梦熊也以功升右都御史，荫一子锦衣卫正千户世袭，并在贺兰山刻石记其平叛之功。
宁夏平定后，叶梦熊镇守固原，后上疏称病辞归乡里，未允，加封兵部尚书，荫一子入国子监读书，后改南京工部尚书，加封太子少保，升任太子太保。叶梦熊急流勇退，5次上书请归，最后获准，即于同年返抵惠州，归时行李俭朴，至家中田宅无增，居家恂恂恭谨，倡义劝施，无所吝啬，闲暇无事，呼诸侄泛舟西湖，行酒赋诗。