？”于是，将封赏、通贡的事情列出八件上奏。
诏令下发到朝廷议论，定国公徐文璧、侍郎张四维以下二十二人认为可以施行，英国公张溶、尚书张守直以下十七人认为不能批准。尚书朱衡等五人称封赏、通贡很方便，互市不方便，唯独佥都御史李棠极力称道应该批准。郭乾全部上奏皇帝。遇上皇帝驾临经筵，内阁大臣当面恳请对外进行笼络，对内加强守备。于是皇帝下诏分封俺答为顺义王，将他居住的城题名为归化；昆都力、辛爱等人都被封官；封把汉为昭勇将军，指挥使依旧保留。俺答汗率领各部族恭敬地接受诏书，派使者朝贡马匹，抓住赵全的余党献给朝廷。穆宗嘉奖他的忠诚，赏赐他金币。又博采王崇古和朝廷大臣的议论，赏赐他王印，提供饮食，增加抚慰赏赐，只是朝贡的使者不能进入京城。
河套的吉能也依约请求封赏，因为事情由陕西方面处理，下交给总督王之诰商议，王之诰想使吉能一、二年不侵扰后，才批准他的封赏通贡的请求。王崇古又上奏说：“俺答、吉能是亲叔侄，首尾呼应。现在收容了他叔叔却纵容侄子，禁锢了首脑却舒展着手臂，俺答必然招呼吉能的部众到河东的宣、大地区进行互市；商贩不能供给需求，而吉能纠集俺答骚扰陕西，四镇的忧虑就大了。”皇帝认为他说的有道理，也授予吉能都督同知的官衔。王崇古广招商贩，听任贸易。布帛、菽粟、皮革从遥远的江、淮、湖广用车运到了边塞，于是征收税赋作为犒赏的开支。他们的大小部落头人由官府供给金银、丝织品，每年购买定数的马匹。王崇古仍然每年到弘赐堡宣告皇帝的威仪圣德。各部族依次拜见，没有敢哗变的人。从此边境安宁。东起延绥、永平地区，西到嘉峪关七镇，数千里地军民安居乐业，不动兵兴武，每年节省十分之七的费用，诏令晋升他为太子太保。
万历初年，朝廷召他负责北方少数民族事务，给事中刘铉弹劾王崇古为谋升迁而行贿，神宗下诏责备刘铉乱说。此后，加封他为少保，调任刑部尚书，改任兵部。起初，俺答各部曾经越过甘肃劫掠了西部少数民族，既表示诚意，他的从孙切尽台吉连年侵扰西部少数民族，不很顺利，请求俺答向西增援。王崇古每次修书阻止他，俺答也回函谢罪。此年，俺答请求与三镇通报情况，相约发誓，想到西边迎接佛祖。