军败退到朝鲜半岛东南沿海一带。明军收复包括平壤、汉城在内的朝鲜主要城市和绝大多数国土，使朝鲜李氏王朝存亡继绝，起死回生。经中、朝与日本两方谈判，日军同意撤出朝鲜。为了防止日军卷土重来，王锡爵支持采纳宋应昌所提出的关于明军留驻朝鲜，并在朝鲜屯田、开矿，以解决入朝明军每年庞大的军费、军粮供给问题的方案。由于朝鲜方面对这个方案持保留意见以及明朝自身的边患防卫需要，和国内中原一带发生严重的水灾，财政极为困难，明军被迫撤回国内。
廷推内阁大臣时，神宗虽然任用了于慎行、叶向高、李廷机，但仍惦念王锡爵，特加少保衔，遣官召他赴任。王锡爵三次婉辞不就，神宗坚持任用。当时，言官们的势力很强，每日奏章不断，王锡爵遂进密帖给神宗，让神宗“于章奏一概留中，特鄙夷之如禽鸟之音。”言官们听说后，引起公愤。纷纷上章弹劾，将此前旧账又都搬出，王锡爵本不准备就职，于是更加决心杜门养老。神宗虽然越加眷顾，王锡爵就是执意不出。
锡爵辞相归隐后，仍密切关注着朝鲜局势的后续发展，万历帝向国内各地派出矿税太监，四处横征暴敛，造成民间扰动不安。王锡爵当时便指出倭寇可能趁此机会，再度发动侵朝战争，果不其然，丰臣秀吉再次出兵朝鲜。后病逝于家，享年77岁，朝廷赠他太保衔，赐谥号文肃。