逃到宝坻，被李三才抓获，李三才再次上疏陈明设置矿监税使的弊端，说：“陛下喜爱珠玉，老百姓也羡慕温饱；陛下爱护子孙，百姓也恋妻女。为什么陛下要聚集财宝，而不让小民老百姓有一升一斗的需要；想绵延万年，而不让百姓有一天的欢乐呢？自古未有朝廷的政令，天下的情形就到了这种地步，而能幸免没有叛乱的。朝政鄙陋的多，而陛下的病根就在于沉溺于钱财之中。臣请求陛下发善心，罢除天下的矿税。贪欲之心既然丢掉，则朝政可以治理好。”
过了一个月，皇帝没有回复，李三才又上疏，说：“臣为百姓请命，一个多月没有得到回答。听说近日的奏章，凡涉及到矿税的，您都置之不理，这是国家存亡的关键，一旦众叛亲离，老百姓都成为敌人，风驰尘扬，叛乱的人群四起，陛下安然独处；即使黄金满箱，明珠填屋，谁替你守护呢？”万历帝依然不答复。万历帝突然患重病，自以为快要驾崩的皇帝下诏罢矿税，但他突然反悔，又下诏停止罢免矿税，李三才极力陈明国家形势危急，请立刻颁下前面停矿税的诏书，皇帝不听。
这时，运河清口一段河水干涸阻碍了漕运，李三才建议开渠建闸，花费二十万，请求留下漕粮接济。督储侍郎赵世卿力争，李三才于是声称有病请求离职，皇帝对他的回避态度很不喜欢，于是同意了他辞职。淮扬巡按御史崔邦亮，巡漕御史李思孝，给事中曹于汴，御史史学迁、袁九皋都上奏章乞求把李三才留下。史学迁说：“陛下因为陈增的原因，想罢免李三才，托词解除了他的官职。近年来宦官四出，海内沸腾。李盛春的去职因为王虎，魏允贞因为孙朝，前任漕臣李志也是因为矿税的事去职。其他官吏离开岗位的，不可胜数，现在李三才又接着要被去职。淮上军民因为李三才被罢官，想找陈增算帐，陈增闭门不出。李三才不当离职可想而知。”万历帝对他们上疏仍不予理睬，李三才于是离开徐州，接连上疏请求找人替代他，但未得到命令。正好侍郎谢杰代替赵世卿为督储，再次请求让李三才留下，万历帝于是命令李三才继续任职以等待接替的人，最终也没有派遣人接替李三才。
李三才又上疏说：“近来雷电击中了皇陵，大风拔起了树木，洪水滔天，天变到了极点。反贼赵古元刚在徐州被处以磔刑，赵大荣在亳州被枭首，而