睢州的大盗又出现了，人心的离散到了极点，陛下每当有征求时，必定说：‘内府已很匮乏。’如果内府果然匮乏，那是国家的福气。所谓皇帝瘦弱而天下肥，实际上不是这样。陛下所谓的匮乏，是黄金没有遍地，珠宝玉石没有堆到像天那么高。小民饭都吃不饱，又来搜刮，鞭打没有止尽，道路上全是囚犯，官吏唯有请求罢官，老百姓唯有一死，陛下难道还不引起警惕吗！陛下不要说臣危言耸听、言过其实，真的到了这一步，哪有陛下安身的地方呢！”万历帝不予理睬，不久睢州的盗匪被擒获，李三才因此上奏施行的几件事，境内安宁。
歙县人程守训是陈增的随从，以纳捐获得中书官职，程守训为人骄横跋扈，仪仗铺张，他允许人互相告密，拷问嫌犯时，连妇女、儿童也不曾放过。程守训惧怕李三才，不敢到淮上，李三才弹劾整治他，得知其赃物足有数十万之多。陈增害怕连累到自己，也对他展开了搜查，搜到了奇珍异宝和盗用的龙文、服饰、器物等物品。程守训和他的帮凶因此被逮捕，受到制裁，人人拍手称快。
皇孙出生，万历帝下诏合并矿税，释放囚犯，起用被解职的官员，增补御史，不久却改为不全部实行。李三才怀疑首辅沈一贯从中作梗，便上疏暗中诋毁沈一贯。接着，他又说：“恩诏已颁布，立刻又中途停止，在路上人们说前几天的新政不过是陛下一时心喜，所以旋开旋闭。”又说：“沈一贯担心沈鲤、朱赓威逼自己。又害怕他们有所争执，暴露了自己的短处，害怕事情不由自己去做，就想从中使坏。他行贿左右的人，多方煽动，致使新政遇到阻力。”万历帝看到奏疏后十分愤怒，下诏严厉责问李三才，并罚俸五个月。
矿税使暨禄去世，李三才因而请求下诏将天下的税使全部撤离，皇帝不听，命令鲁保兼任暨禄的职务。前吏部文选司郎中顾宪成住在无锡，在东林书院讲学，喜欢品评人物。李三才与他有深交，顾宪成也极信任他。李三才曾经请求朝廷增补大官职，选拔科道，录用被贬的官员。因而说：“各大臣只因为言论触及到了掌权的人，便永不叙用，他们并没有违背陛下。现在有些人假借皇上的威风禁锢大臣，又借他们违抗陛下的名义替自己的罪过掩饰。有负国家有负君王，没有比这个罪更大的了。”此举意在为顾宪成等正直朝臣鸣不平，