召还朝中，主持兵部事务，神宗根据功劳，赐一品诰命。
受御史许守恩、徐元复参劾，遂三疏谢病归，根据王世贞《居来张公墓志铭》描述，张佳胤是因为受中贵人中伤才上书请辞。而《钱镜塘藏明代名人尺牍》收有《张佳胤致某人函》一通，则称张佳胤因帮助“直谏忤上，廷杖为民”的礼部员外郎卢洪春，而得罪文书房阉人，“其阉乘机冷语激动上怒”，被迫辞官。后患风疾，转而病重，病逝时享年六十二岁，追赠少保，葬于崌崃山。
张佳胤工诗文，为明文坛“嘉靖后五子”、“后七子”之一，与明文坛“后七子”、文坛领袖李攀龙、王世贞、宗臣、吴国伦唱和，深受他们复古主张的影响，主格调，讲法度，大力攘斥当时文坛上的空浮之弊和“主理”现象。不过，异于“后七子”其他成员的是他强调文学，尤其是诗歌创作中的真情贯注。