山西。因为山西地瘠民贫，力主裁减幕府的每岁上供和州县的冗费，用这样节约的万余银钱修治亭障，修建烽火台，购置器具、马匹以换取粮食。又上奏请求免除平阳站每岁的定额银八万，用山西省邮传节余的费用来补充，雁门、平定军因为逃避屯田粮税而逃跑，魏允贞上奏免除两军的地租，下令恢复开垦。岢岚互市，省抚赏给银钱六万。汾州有两个郡王，管理人员与军民杂处，知州职位太低不能制服，魏允贞奏请改为府。自从互市后，边政废弛，魏允贞看到了要害，修筑边墙万余丈，声名大振，皇上数次嘉奖他的才能。
下诏让宦官张忠在山西采矿，魏允贞上疏极力主张不可，皇上没有答复他。不久，西河王知燧请求开凿解州、安邑、绛县的矿产，以仪宾督促有关事宜，指挥王守信请求开凿平定、稷山各矿山，皇帝都批复同意。魏允贞恐怕老百姓受到更多的干扰，请求命令让张忠一个人管理，皇上也不同意。
三殿受灾，皇上下诏恳求大臣讲实话，魏允贞认为过错在于辅臣，历数赵志皋、张位的罪行。并且说：“这二个人在二月加了恩宠，过了一个月两宫发生灾乱。今年又加恩，三殿又受灾，天意啊！”张位极力为自己辩解，请求罢官。皇上安慰，予以挽留，责备魏允贞是边臣不当议论朝政，因为屡被推举不被任用，遂放肆乱言，被停发俸禄五个月。不久，魏允贞上疏推举被人忽视的贤明人士，请召回王家屏、陈有年、沈鲤、李世达、王汝训和小官史孟麟、张栋、万国钦、马经纶、顾宪成、赵南星、邹元标等，上疏被留在禁中，过了很久，他才按程序提拔为右副都御史。
魏允贞上疏陈明时政的过失：“从地方考察选取的各位臣僚，几经论辩、推荐，皇上还是没有轻意地授予一官。鲁坤、马堂、高淮、孙朝之辈，没有做什么事，更没有推举什么人，但皇上让他们拥有权力横行朝中。生杀予夺，全由他们一句话。朝廷大臣所陈明的都是国家大计，一切搁置阁中，不予实行，更有甚者被严加责备。那些监税之徒，都是无赖小人，为老百姓所不齿，却早晨上奏，晚上得到批复，如声音与回音一样相随。我百思不得其解。小官吏下乡，民间仍被干扰，更何况官役四出，如虎若狼，老百姓倾家荡产、家破人亡。如吴宝秀、华钰等人，惨到极点，可陛下没有一点念及到他