请求减少织造，赵志皋等人联合奏请。不久又极力论述奏章滞留在宫中的弊端，请求全部交给各部门商议行事。神宗厌恶宦官张诚与霍文炳结党，因为言官不检举揭发，将二十多人贬官、罢职。赵志皋等人接连上奏劝谏，神宗都不接纳。赵志皋任首辅期间，晋升为少傅，加封为太子太傅，改任建极殿的官职。
日本封贡之议兴起，日本丰臣秀吉发兵侵略朝鲜，日本军队攻入朝鲜王京后，一路放兵淫掠，使朝鲜八道尽没，朝鲜国王宣祖李昖弃王京出逃，逃亡途中向明朝求救。明朝遂派大将李如松为东征提督，领兵救援朝鲜，李如松获得了平壤大捷。然而李如松于平壤获得首捷之后，又败于碧蹄馆之战，经略宋应昌急迫地希望征战成功，而日本军队也因兵力疲惫、粮草短缺希望撤退，因而明朝与日本以册封为主要内容进行和议。兵部尚书石星极力支持，赵志皋也希望无事，与他彼此应和。
正当明朝犹豫是否与日本和议之时，朝鲜国王为倭请封，即请求明朝册封日本，接到朝鲜国王的请求之后，万历皇帝下旨责备兵部，并令其筹划此事。赵志皋向万历皇帝上疏《答谕封事》。在《答谕封事》中，赵志皋向万历皇帝提出了自己对于和议之事如何解决的看法：第一，令经略孙矿速探倭情详实，经过周全议论后向皇帝奏报，另立议和限期；第二，自今日始，在廷大小诸臣，必须静听筹划，不得出位妄谈、多言乱听。
日本议和使臣小西飞到京后，赵志皋及兵部尚书石星开始积极推动册封具体事宜，赵志皋等得到有关东倭封事宜的圣喻，即邀尚书石星至东阁与其商议和议条款。与石星研究详确后，赵志皋向皇帝奏报，再一次推动议和之事进展。
此次和议之前，明朝入朝鲜救援，虽有两战之捷，但兵马人员损失很多，不仅兵力大损，出兵所需的粮饷也已造成巨大的国库负担。因此，赵志皋在和议问题上与石星的立场一致，即以册封日本丰臣秀吉为上策，明朝兵力以守代攻，若日兵再来犯，明朝可因时补救。对此，万历皇帝下谕旨给倭使，“既译审的确，封名册使等项，着详议具奏，尔部先差官宣谕倭将率众尽数回巢，待朝鲜王奏到之日，遣使往封。”四至此，在赵志皋及石星的推动下，明朝同意册封日本之事尘埃落定。在赵志皋、石星等推动册封展开的过程