成、顾允成兄弟在内的许多廷臣，上奏阻止这一诏令的颁发，神宗迫于公议，收回了三王并封之命。
京官考察，吏部尚书孙龠、考功郎中赵南星将与执政有私交的人，全部罢黜，实际上是顾宪成左右的，等到赵南星被斥退，顾宪成上奏请求一同罢官，没有得到回复。不久，升为吏部文选司郎中，掌管官吏班秩迁升、改调等事务。
顾宪成直言敢谏，他和一些正直的官员，经常对朝廷的错误决策有所非议，在士大夫中声望很高。因为争立皇长子朱常洛为太子，顾宪成引起神宗反感，首辅王锡爵年老引退，神宗便命吏部根据品望推选六七位，能够胜任首辅之职的官员听候点用。顾宪成与吏部尚书陈有年合拟了七人名单上报，请神宗亲裁。不料，顾宪成他们提名的人，都是神宗所厌恶的，尤其顾宪成提名的前大学士王家屏，更是违背了神宗的旨意，从而更触怒了神宗，顾宪成被削去官籍，革职遣送回家。顾宪成被除去官职以后，朝廷内外推荐他的上书超过上百份，神宗都不批复。
顾宪成回到了家乡，决定从事讲学活动，同时宣扬他的政治主张，恰好在无锡有一所宋朝学者杨时曾经讲过学的“东林书院”，他就同弟弟顾允成倡议维修。维修书院的事，得到许多地方人士以至常州知府、无锡知县的资助和支持，修复了这所书院。顾宪成会同顾允成、高攀龙、安希范、刘元珍、钱一本、薛敷教、叶茂才等人，发起东林大会，制定了《东林会约》，规定每年举行大会一、二次，每月小会一次。东林书院既讲学又议政，吸引着许多有志之士，包括一些因批评朝政而被贬斥的官吏，他们不顾道路远近，纷来沓至，人数之多，竟使东林书院的学舍都容不下。
顾宪成曾经说：“在朝廷做官，志向并不在皇上，在边地做官，志向不在民生，居于水边林下，志向不在世道，君子是不这样做的。”他在讲学之余，往往议论朝政，品评人物。朝廷之士仰慕他的风范，多和他遥相呼应。由此东林名声大噪，而忌恨的人也多，从而被他们的反对者称为“东林党”。由于许多东官员纷纷上疏推荐重新起用顾宪成，顾宪成被正式任命为南京光禄寺少卿，但是顾宪成不接受任命，继续留在家乡从事讲学议政。
东林党人淮南巡抚李三才被弹劾，顾宪成送信给叶向高、