孙丕扬，为李三才恢复名誉，御史吴亮将它刻在朝报中，攻击李三才的人看到后纷纷议论。于是，徐兆魁在奏疏上攻击顾宪成，肆意诋毁，声称：浒墅有条小河，东林党占用其税收作为书院的费用。税使来检查，东林就以文书招请，假使税使没有应邀前往，也必定给予丰厚的报酬；讲学所至，仆人随从如云，县令命令馆舍予以供应，没有二百金办不到；聚会时必定谈论时事，郡邑做事偶然与他们意见不同，必令郡邑改正；收受贿赂。
徐兆魁的话没有一句得到证实，光禄丞吴炯上奏为顾宪成辩白说：“顾宪成送信救李三才，是有些出格，我曾责怪他，顾宪成也后悔。现在顾宪成被诬告，天下将因此作为讲学的惩戒，闭口不谈孔、孟之道，国家正气从此而耗减，不是小事情啊！”奏疏上后，明神宗不予回答，此后攻击顾宪成的人没有断绝。
顾宪成死于家乡，留有着作《小心斋札记》、《泾皋藏稿》、《顾端文公遗书》等。熹宗赠顾宪成太常卿，由于东林党人开放言路指责朝政，触动熹宗时专权的大太监魏忠贤，魏忠贤开馆纂修《三朝要典》，打击东林党，同时造编《东林点将录》等文件上报朝廷，熹宗下诏烧毁全国书院，削去顾宪成封号。后来，崇祯帝下令为东林党人恢复名誉，并下诏修复东林书院，顾宪成获得平反，赠吏部右侍郎，谥号端文。
顾宪成创立了东林书院，并以东林书院为阵地，通过讲学、论辩、研讨、撰文、出书，对王守仁“心学”及王学末流，在道德修养和认识论方面宣扬的种种虚、空、玄的主张和说教进行猛烈的抨击和批判，从而推动了实学思潮的高涨。