綎才攻打小西行长军队，行长军退守顺天城，陈璘挥师西进，毁倭船百艘，斩溺倭兵百余人，将倭寇首领石曼子击败，生擒倭帅平正成、平正秀并处死，并与陆路明军夹攻顺天日军，取得了露梁海战的彻底胜利。
日军撤退到锦山防守，明军挑战，日军不出战，不久，日军渡海躲藏到乙山，乙山悬崖深邃，道路险恶，明朝陆军不敢前进。于是，陈璘率部队在晚上偷偷地摸进去，包围了岩洞，等到天亮，发炮，倭寇惊慌之下，逃往后山，陈璘军恶战日军，日军败退，陈璘分兵追击，将敌人一网打尽。后论功行赏，陈璘第一，刘綎第二，麻贵第三，提升陈璘为都督同知，世代荫封指挥佥事。
陈璘撤回明朝境内，正好碰上征伐播州，于是朝廷任命陈璘为湖广总兵官，由偏桥进军并指挥由龙泉进军的陈良玭部。陈璘军和播州叛乱首领杨应龙子杨朝栋交战，贼军受挫，逃到龙溪山会和其余贼军抵抗明军，陈璘安抚苗民后，进军龙溪，侦察得知敌人有埋伏，命令游击陈策用火器攻打，贼军居高临下，陈璘悍不畏死，首先登山，杀死后退的小校示众，众将士奋勇而战，敌军大败而逃，陈璘的二个副将追击，中贼军埋伏战死。于是，陈璘招募敢死队跟随把总吴应龙等人猛攻，贼军逃到山顶，晚上又逃到袁家渡，次日又被陈璘军击败，至此，四牌的匪徒全部被消灭。
陈璘得知贼首张佑、谢朝俸、石胜俸等人在七牌野猪山安营，于是连夜行军抵达苦练坪，前后夹击之下，敌军逃入深山老林之中，陈璘于是进入苦菜关，听闻童元镇在乌江战败，心生恐惧，请求撤退被总督李化龙否定，陈璘于是进军楠木桥，驻扎湄潭。时匪徒全都聚集在青蛇、长坎、玛瑙、保子四座囤子里，地势都很险要，陈璘于是先攻击三囤，然后进攻青蛇囤。后陈良笿部也来会师，陈璘让他到囤后埋伏，另外派一支部队把守板角关，防止敌人逃跑，经三天苦战，攻占三囤，又用重金收买不怕死的人从玛瑙后面爬着树藤到山后放炮，贼军大乱，明军奋战之下，全歼了七牌的匪徒。
陈璘接着分兵六路，攻克大小三渡关，乘胜直达海龙囤下，各将都攻击海龙囤前面，唯独安疆臣在后面攻击，战局四十多天相持不下，安疆臣的部下还接受匪徒的重礼贿赂，偷偷地把火药送给匪徒，陈璘知晓后，令安疆臣