，结果，请客遗火无据，只是每年年底府县多人打柴，但不知是谁遗火，只定罪巡风官及看守人，然后了结此案。王之垣后入京城，见到相公及总宪陈年伯，他们说：“火灾疏甚稳妥，得大体。”
由巡抚转户部侍郎，管太仓。王之垣入仓查验斛斗，发现仓内一大斗异常，问吏卒，吏卒回答说：“凡粮到仓，该仓斗级每人先支一斗是历来旧规，亦运粮人所愿也。”王之垣说：“岂有此理，即照常与之，亦是徇私，况另置一大斗，可乎”于是，下令各仓主出示，革除此法，户部修总督仓场，衙门估计约用百金有零，管粮厅石郎中说：“此银例该各仓斗级出办。”王之垣说：“岂有此理，宜其大斗要粮也。”于是，王之垣和尚书张心老说了此事，让户部发银修缮。
王之垣上书归省，户部虚席以待六月，但王之垣竟称病，居家不复出，平日不嘱托私事，不徇私情，致仕后，又书一贴于厅云“誓不说事”，果然，居家十四五年，乡人没有一个求托者。王之垣太夫人八十高寿，乡人平日不相往来者约三百人，纷纷拿着贺礼，为太夫人庆寿，王之垣对头人罗轸说：“某平日不管人家闲事，何敢劳诸君”罗说：“正因公不说事，不害人，大家阴受其赐，所以来也。”
虽家居，犹有拳拳报国之心，长子象乾以参政备兵上谷，王之垣嘱托他：“吾家世儒生耳，委尔于边野，犯锋镝不慈，以为难也而避之，逆上命，不忠，吾终不以慈废忠矣。”象乾理应入蜀，但念父年老，不愿动身，王之垣又劝说：“上方西顾，岂臣子顾家时耶”若当移孝为忠，恋菽水非吾愿也。”象乾既行，尽瘁西事。王之垣如此平居，无鲜甘之奉，华美之饰，真乃古大臣之风。
居家20年，课教诸孙，闭户着书，有《承天大志记录事实》三十卷，《律解附例》八卷，《历仕录》一卷，《炳烛篇》一卷，《摄生篇》一卷，《琅琊游记》三卷，《百警篇》一卷，《念祖约言》二卷，《日程篇》等。