力持正义，丝毫不苟，敢于改革，敢于提出不同意见，敢于顶撞权贵和势力很大的宦官。过去，曾有每三年派出大臣巡察边疆一次的制度，籍以促进军事设施，实行多年，成为惯例，钦差大臣们，所到之处，收取金银礼物，珠宝馈赠，尽归己有，大发横财。黜、陟、赏、罚，出自私意，不以公论，以致边境军民不得安生。裴应章体察时弊，建议这种巡察定制，应该废止，认为边疆保卫，不在巡察时的弄虚作假，既糜费公孥，又给上下贪婪之机。“为政在人”，要在平时选拔优秀人才充任，赏罚分明，将土用命，边防自能巩固。
当权大珰冯保，欲取冏马三千匹为私人调用，这是太监、宦官想利用权势私自调走国家战马，供个人显威。贵人、大帅方拟行，应章不惧权贵，不徇私情，坚持认为太监宦官不应干扰武将执行政务，阻之不给，据理奏请皇上，降旨勿与，同僚无不佩服应章的胆略和才干。
在郧阳巡抚的任上，主修有郧阳志书——《郧台志》十卷，裴应章主修，彭遵古纂修。志书记述了郧阳设立郧阳抚治的史实。抚治管辖范围包括鄂、豫、川、陕毗邻地区的荆州、襄阳、南阳、汉中、郧阳等8府和上下荆南道、关南道、汝南道、商洛道等5道，商州、金州、裕州、夷陵州、归州等9州，共65个县。志书中记载了84任郧阳巡抚，兵部尚书原杰和凌云翼、工部尚书潘旦和王以旗、吏部尚书王学夔、刑部尚书王世贞等着名人物，曾在郧阳抚治任职。同时还收录来郧任巡抚的37名抚臣，郧阳抚治有121名朝廷重臣任职，据查证，其中有50多人在《明史》中有传。
裴应章三十岁为官，深得隆庆和万历帝的信任，言听计从，立下不少功绩，足慰平生之愿。当他年届古稀，正好功成引退，于是上本皇上，获准回县，荣归故里。神宗御宴裴公，同僚相继饯行，沿途官员迎送不暇，回到家中有儿孙绕膝，侍候晨昏，心情分外舒畅，无公务之纠缠，恒沉醉于山水之间。如本县之南极山、金莲寺、大丰山、明溪的滴水岩等，都有他游玩的遗迹。兴之所至，便吟诗作对以自娱。还在南门城外建有一座楼，名为：望耕楼。他常在楼上看农民终岁劳动，与家乡父老谈论稼穑，或约好友饮宴、吟诗作赋其间，乐度晚年。
裴公关心民瘼，恒把乡亲应兴应革意见