，火落赤、真相等部进犯洮州，临洮副总兵李奎、李联芳先后被杀。朝廷命戎政尚书郑洛经略七镇并兼任总督，郑洛坚辞总督之职。经内阁大臣王锡爵推荐，神宗起用魏学曾为兵部尚书兼都察院右副都御史，总督陕西、延、宁、甘肃军务。当时，郑洛主张议和，魏学曾到任后，与他意见不合，并得到了陕西巡抚叶梦熊的支持，二人抨击郑洛玩忽职守。恰好扯力克东归，火落赤诸部也迁走，魏学曾道听途说，上奏认为扯力克虽然归去，暗地里却留了两万精兵在嘉峪，想帮助火落赤、真相。此言得到朝官的争相附和，王锡爵心里后悔，上疏奏明，又送信责备叶梦熊。兵部尚书石星认为扯力克既然东归，宣府、大同方面的局势就很紧急，于是将郑洛召回商议安抚事宜，不理魏学曾的奏疏。
不久后，河套回部首领唐兀·明安完成互市交易，要求增加赏赐，魏学曾命令总兵杜桐、神木参将张刚、孤山游击李绍祖出其不意将其斩杀，斩首四百五十余级，生擒二十余人，夺马匹器械无数。魏学曾因功加为太子少保，而唐兀·明安之子摆言太声言为父复仇，号召各部落，使西北地区兵端大开。
致仕宁夏副总兵哱拜反叛，杀死巡抚党馨及副使石继芳，逼迫总兵官张维忠自杀，其子哱承恩攻陷玉泉营、中卫、广武，黄河以西地区望风而降，只有平虏在参将萧如薰坚守下坚决不降。随后，叛军进一步夺取了黄河以西的四十七座城堡，并且渡过了黄河，又引诱河套地区的蒙古首领着力兔歹成台吉、宰僧等部进犯平虏、花马池，陕西全境震动。
魏学曾下令副总兵李昫率游击吴显赶赴灵州，另遣游击赵武赴鸣沙州，沿黄河一带阻止叛军南渡，自己进驻花马池，正当叛军的冲要。李昫等渡过黄河，收复了被占领的四十七座城堡，只有宁夏镇城还被叛军盘踞。着力兔等部与叛军遥相呼应，哱拜、土文秀进攻赵武于玉泉。哱云引导着力兔攻平虏，被萧如薰设下埋伏射死。李昫回救赵武，成功解围，李昫领兵与前任总兵牛秉忠抵达宁夏镇城下。
当时，神宗已提拔董一奎为总兵，李贲为副职。不久，又命萧如薰接替董一奎、麻贵接替李贲，二人还未到任，李昫等已经攻城。叛军从东西二门各派骁勇善战的骑兵三千迎战，步兵排列火车为阵营，明军发动进攻，夺得战车百辆，乘胜