堤，宁夏镇城外水深有八、九尺，东西城崩塌百余丈。着力兔、宰僧又进入李刚堡，被李如松、麻贵等击败并追赶至贺兰山，叛军更加害怕，要求和议，明军对是和是战悬而未决。
魏学曾招降刘东旸、许朝时，曾停驻固原十余日等待消息，被神宗责以玩忽职守。李昫渡黄河又稍迟，使得松山、河套诸部先进入，明军由是再次失利。魏学曾在平叛伊始，曾上疏要求监军不要参与兵事，神宗命梅国桢遵守，梅国桢对此颇为不满。其后，梅国桢弹劾诸将观望，并定魏学曾为“玩寇”罪。给事中许子伟也弹劾魏学曾为招抚所迷惑，耽误了国事。梅国桢又说佥事随府从城上逃下，叛军命令四个人下来捉拿，明军距离咫尺却不敢上前救援。而北边河套诸部数万人截断明军粮道，杀戮无数，魏学曾却隐匿而不上报。神宗得报大怒，将魏学曾逮至京师，而命叶梦熊接替任职。史称叶梦熊执行魏学曾的计划，“遂成功”，据记载，魏学曾被捕时，朝臣数十人上疏援救，宁夏将士也“号泣送之”。
魏学曾逮捕不到一个月，宁夏城破，明军乘势而入，哱拜之乱平定，神宗在诏书中称魏学曾“功魁实罪首也”，将其夺职为民，后朝廷论功，命他以原官致仕。
魏学曾任事勤劳，灌城招降的计策，本是他的建议，等到奏捷时，神宗召见大学士赵志皋、张位，二人极力为魏学曾辩解，兵部尚书石星等朝臣多称魏学曾无罪，梅国桢也上疏说：“魏学曾应变稍慢，臣请求责备诸将是要振奋士气，而逮捕魏学曾的命令，发自臣的上疏，臣深感悔恨。魏学曾不获昭雪，臣将受到万世的讥刺。”李如松说：“魏学曾被捕时，三军将士泪如雨下。”叶梦熊也将功劳归于魏学曾，神宗开始不听，后来才恢复魏学曾的官职。
魏学曾在泾阳家中去世，享年七十二岁，御史张邦俊建议为魏学曾等十四人补谥，但未获准，神宗赐祭四坛，“给全葬”。天启年初，礼部左侍郎周道登奏请补上魏学曾等四十四人的“职名行实”，熹宗准奏予谥，熹宗下诏赐魏学曾谥号为“恭襄”。