密切监视他被罢免的消息，以图报复。后受督府郜光先暗害，万世德被罢免。
万世德奉圣旨回到原籍，听任勘察，经过考察降职使用，降用回家后，火酋大举进玫，又有王顺义配合，集合四十万人驻扎河套一带。陇西骚动，明王朝边境不宁，郜光先惊恐万分，卧病而死。起用万世德为赵州知府，又擢升为山东按察司佥事，备兵辽左。这时，召府上疏皇上，举荐万世德监管幕府军事，万世德接到皇命诏书，单车就道，日夜兼程，驰至西宁，将佐士卒见其到任，欢呼雀跃。少数民族首领却以手加额，万世德对他们说:“你们世代受中国之思，为何服务虏寇，虏寇最不仁慈，胜则独获其利，败则以你们为诱饵，望你们权衡利黔，三思而行。”一席话，说的少数民族首领罗拜而去，招抚了五万八千四百二十余名部族，虏寇侦探断绝，稍稍畏缩。
王顺义仍然顿众观望，迟迟不来归顺，万世德想:自从郜光先恇怯敌威，讳忌征战以来，虏寇日益轻视于我。目今之策，必须重创边患。于是与诸将商议，决计出师。一战于莽刺川，再战于水泉口。皆获大胜，斩擒夺获虏寇人马器械无数，虏寇受此震摄而远遁。又与郑公商议，出兵攻打边虏巢穴—仰华寺，以绝后患。于是，提兵远征青海，驰骋七昼夜计二千余里，烧毁其巢穴仰华寺。班师后，报幕府上功，恰遇枢密府谋翦忌妒他。台省又认为世德不能尽歼火酋，仅薄叙战功，进为山东按察司副使，备兵怀隆。在此任上，赤身许国，倾身下士，四方怀才聚艺之士，纷纷投奔，愿为世德效死节，文武豪杰，声望日重。
本的关白丰臣秀吉就凯靓朝鲜，发兵十万从釜山登陆，很快就攻陷王京，占领平壤。明廷以宋应昌、李如松率兵援朝，与朝鲜军合作，打垮了日军，光复了平康。丰臣秀吉侵略朝鲜虽遭失败，但野心不死，卷土重来，羽书告急，辅臣张获、沈一贯建议，认为登莱为天津门户，天津又是京师堂奥，宜于天津派重臣强压。南北台省上疏举荐万世德的戍边才能，于是招升其巡抚天津，登莱、旅顺等地，为督察院右金都御史，专管海防军务。
万世德受事后，征兵造舰，昼夜辛劳，次第就绪，又遇经理朝鲜都御杨镐的流言蜚语，被罢免，以汪应蛟代理。给事中张辅上琉皇上，请求万与汪互换职务，世德受命，驾