熊“降二级，调外任”，以息异议。他又发内阁旧藏明成祖封瓦剌、鞑靼诸王故事，拣发兵部，力主封俺答汗为王，这种将蒙古与中原看成一个整体的观念，比仅图边安的想法又高一筹。高拱批评反对派：“你们这些人喋喋不休，难道是国家筹划轻重厉害吗？徒念重大，恐有不效，留为后言耳！”遂无敢复言者。同年，贵州抚臣告土官安国亨叛，请进剿。高拱不轻信是言，经深入察查，知“国亨非叛，而巡抚者轻听谗言以幸功也”，便专派员前去安抚释嫌，避免了一场兵戎相加。
明廷封俺答汗为顺义王，其他各部首领也分别封为都督指挥、千户、百户等有差。明廷又准与俺答互市，时陕西三边总督以该边不同宣、大，不欲通贡互市，高拱拟旨切责。不久，陕西三边也开贡市，几个月之间，边陲晏然，没有一个蒙古人侵扰，边境百姓丢掉戈矛而拿起锄头耕作，关城熄灭烽火可以安枕，从此基本结束了明朝与蒙古鞑靼，各部近二百年兵戈相加的局面。在满朝争议的情况下，穆宗能如此迅速、圆满地解决这一先朝遗患，与高拱等的着力赞襄是分不开的。
在议贡过程中，主通贡互市的总督王崇古曾以人言求去，高拱知后，一面在朝廷力称崇古议，一面抱病修书崇古：“惟公安心畅意，始终此事，不必更怀忧虑”，使崇古受到极大鼓励和宽慰。方逢时因封贡事曾面会俺答下人，遭人弹劾，说他“辄通寇使，屏人语，导之东行，嫁祸邻镇”。高拱力斥其谬，“抚臣临机设策，何可泄也”，保护了方逢时，使他免受贬谪。朱载坖以其“殚忠远谋，劳绩可嘉”，进高拱少师兼太子太师、尚书，改建极殿大学士。
俺答封贡事既成，高拱犹居安思危，担心边方兵将因无事而疏怠偷安，再坏边备，他一向主张“不恃人之不吾犯，恃我不可犯；不恃人之不吾欺，恃我不可欺”，强调自强。于是，再上“请每岁特遣才望大臣四出阅视，以今视昔，钱谷赢几何，兵马增几何，器械整几何，其他屯田盐法以及诸事拓广几何”，明白开报，若比往昔有所增益，则与过去战时擒斩同功论赏；如果只保持以往水平，则罪如失机论处。”朱载坖赞赏这些意见并采纳，兵部遂一一制定具体措施行之，以后的几十年中，西北边境始终安定，无大扰，此亦高拱一大政。
高拱在南方两广