当从厚。”言儿子是太子，葬礼应当按明世宗皇贵妃王氏的规格办理。明神宗却欲按明世宗皇贵妃沈氏的规格办理，一再拖延，最后还是按前朝未生育子女的沈皇贵妃的礼仪办理了。当时，正值八月，天气炎热，棺椁又经十个月的停放，尸体早已腐烂不堪，礼部左侍郎翁正春上疏请示王恭妃的安葬事宜，过了两天，明神宗才命人到天寿山卜地，选得了东井左侧的平岗地，经他同意，在那里正式营建了坟园。将王恭妃葬在明十三陵陵区内东井左侧的平冈地，谥“温肃端靖纯懿皇贵妃”，其随葬金制品极少，棺内除了为数不多的丝织品外，仅有银锭数枚和一些银制器物，金锭一枚也没有放。
明神宗不派人守坟，也不拨给守坟的费用，轰动朝野、企图打杀太子的“梃击案”爆发，凶手张差供出自己是受郑贵妃手下的太监庞保、刘成指使的，还牵扯上邪教红封教。舆论激愤，时人皆怀疑是郑贵妃及其兄弟主使谋杀太子。太子的处境受到普遍关注，郑贵妃慌了，哭求于明神宗，为替郑贵妃开脱，明神宗一面要郑贵妃放低姿态亲自去恳求太子，一面命令对太子有调护之恩的嫡母王喜姐给太子做思想工作，要太子不要牵扯郑贵妃；一面自己出马给太子施加压力，让太子表态，安抚百官。最后只处死张差和郑贵妃名下的庞、刘二太监，草草将此案了结，为平息舆论的愤怒，这才下旨礼部：“给皇太子母坟户三十名，园地二十五顷，以供香火。”
明神宗驾崩，太子朱常洛登位当了皇帝，即明光宗，首先想到的就是按制度追封自己的母亲为皇后。明光宗下旨追尊生母，并说：“朕嗣承皇统，抚御临视天下，追念根源，则我的生母温肃端靖纯懿皇贵妃恩大无及。朕往昔为太子时，没有能尽亲尽孝，如今入宫为帝，更只是对当时感到痛悔，想要一伸自己无尽的深情，只有由此而求合于礼仪。想按照皇祖穆宗皇帝尊生母荣淑康妃的先例办理，礼部仔细议定再报闻。”不料，朱常洛只做了一个月的皇帝就在“红丸案”中不明不白的死去，他死后宫廷又发生了“移宫案”，追念母亲的仪礼没有行成。
王恭妃的孙子明熹宗登基后，御史温皋谟上疏揭发郑贵妃的罪行，说她“摧残孝靖皇后，至饮恨而不得一诀。”王贵妃的亲侄儿永宁伯王天瑞，也上奏指责郑氏迫害孝靖后的行为，并为其姑鸣