起轰动，使廷臣看到朱翊钧承业治国的精神和决心，又大大提高了张居正的威信。
朱翊钧从思想上到行动上，全力支持张居正，合力进行改革，推行“万历新政”。政治改革的主要措施，推行的章奏“考成法”，它是针对官僚作风和文牍主义而提出的，意在“尊主权，课吏职，信赏罚，一号令”，提高朝廷机构办事效率。按照考成法的要求，事必专任，立限完成，层层监督，各负其责。神宗说：“事不考成，何由底绩。”因为朱翊钧年幼，对祖制还不十分明白，不晓得个中的利害关系，后来他意识到张居正的权力过大，“几乎震主”，这无疑是一个重要原因。
经济领域的改革，一是清丈全国田亩，二是推广“一条鞭法”。朱翊钧下令在福建行省进行试点，福建“清丈田粮事竣”。朱翊钧与张居正因势利导，趁热打铁，立即通行全国清丈，户部奉旨就清丈范围、职责、政策、方法、费用、期限等制定了八项规定，下发各地。各省均按三年期限基本完成，总计支出新增一百四十余万顷，推广“一条鞭法”，是当时经济改革的又一个重要举措，一条鞭法已在全国各地“尽行之”，这标志着整个张居正改革已经取得了重大胜利。
万历朝的前十年，在幼年朱翊钧的支持下，张居正在政治上、经济上进行大刀阔斧的改革，政府面貌焕然一新，经济状况也大为改善。一代名臣张居正病逝，朱翊钧从此开始亲政，这次改革基本结束。它是明中叶以来地主阶级革新自救运动的继续和发展，也是明后期政治、经济关系新变动的深刻反映，其范围覆盖政治、经济诸方面。具体步骤是，前五年以政治改革为重点，后五年以经济改革为主要任务，十年改革取得了非常大的成就，扭转了正德、嘉靖两朝以来形成的颓势。
朱翊钧亲政后，主持了着名的“万历三大征”。先后在明王朝西北、西南边疆和朝鲜展开的三次大规模军事行动；分别为李如松平定蒙古人哱拜叛变的宁夏之役、李如松，麻贵抗击日本丰臣秀吉政权入侵的朝鲜之役，以及李化龙平定苗疆土司杨应龙叛变的播州之役，巩固了汉家疆土。后世有说明军虽均获胜，但军费消耗甚钜，而三大征实际军费则由内帑和太仓库银足额拨发，三大征结束后，内帑和太仓库仍有存银。
朱翊钧开始沉湎于酒