，从来没有一次接见大臣，天下将有陆沉之忧。”首辅叶向高却说皇帝一日可接见福王两次。
万历中期后虽然不上朝，但是不上朝之后并没有宦官之乱，也没有外戚干政，也没有严嵩这样的奸臣，朝内党争也有所控制，万历对于日军攻打朝鲜、女真入侵和梃击案都有反应，表示虽然忽略一般朝政，还是关心国家大事，并透过一定的方式控制朝局。
就在朱翊钧宗晏处深宫，万事不理，导致从内廷到外廷闹得不可开交之际，辽东后金迅速崛起，不断出兵南犯，向明军发动进攻，辽东战争爆发。后金政权正式建国，终于成为明朝的主要威胁，自此明朝辽东的形势也随之每况愈下。尤其是经过东征援朝战争和矿税使高淮乱辽以后，辽东边防空虚，军民困甚，供应艰难，加上明神宗用人不当，明军屡屡败北。
萨尔浒之战，明军四路大军，三路全军覆没，丧师九万，败局遂成。辽东战争每年约需银四百余万两，朱翊钧为了应付这笔庞大的军费，先后三次下令加派全国田赋，时称“辽饷”。明末三饷（辽饷、剿饷、练饷）加派开始，加派非但无济于事，反而激起了全国人民的强烈不满，纷纷投入反对明朝的革命洪流，朱翊钧自己也因此情绪低落，愁眉不展。
朱翊钧因长期酒色无节，加上辽东惨败，国事困扰，终于病重不起，在弘德殿去世，终年五十八岁。二十二日发丧，二十三日颁布遗诏，命皇太子朱常洛嗣位，尊谥号神宗范天合道哲肃敦简光文章武安仁止孝显皇帝，庙号神宗，安葬于定陵。