假冒滥行，每当大臣死去，他们的兄弟和儿子巴结权贵请求封官拜爵，总会得到满足，魏大中一向厌恶此事，一切都严格按照典章制度办理，力除时弊。
魏大中被提升为吏科都给事中，当官不带家属，只带两个奴仆烧火做饭，自己上朝就锁上门，静谧无人。有一个地方官吏拿着财物来贿赂他，被他检举揭发了，自此没有人敢踏进魏大中的门。吏部尚书赵南星知道他的贤能，遇事常去向他咨询，朝廷中人不能揣摩到赵南星的想法，皆怨恨魏大中，而这时与东林党作对的人大多被赶出朝廷，就更加对赵南星等人恨之入骨。东林党人中间，又各自以地方的不同划分派系，魏大中曾驳斥苏州、松江巡抚王象恒在抚恤官吏家属方面的问题，山东在言路做官的都十分愤怒，后又驳斥浙江巡抚刘一焜，江西籍的官员也很不快。
给事中章允儒是江西人，嫉妒成性，唆使同事傅櫆借用汪文言之事发难，给事中阮大铖跟左光斗、魏大中有仇，于是跟章允儒商量计策，嘱咐傅櫆弹劾汪文言，并且弹劾魏大中相貌丑陋，为人阴险，跟左光斗等人勾结汪文言，谋取私利。奏疏递上去，魏忠贤非常高兴，立即下令逮捕汪文言。魏大中此时恰升任吏科，上疏极力辩解，于是明熹宗下诏同意他上任。御史袁化中、给事中甄淑等人相继替魏大中、左光斗辩解。
大学士叶向高因为举荐任用汪文言，也请求引罪辞职，形势很危急，御史黄尊素对镇抚刘侨说：“汪文言不值得可惜，不可使缙绅之祸由此而起。”刘侨点头同意。汪文言的口供没有牵连到其他人，最终受廷杖，剥夺职位，受此案牵连的人无罪。魏大中于是遵旨上任。第二天，鸿胪寺报名答谢熹宗恩赐，魏忠贤忽然假传圣旨指责魏大中与同僚互相攻击没有结束，不能够担任新职。按惯例，鸿胪寺报名的情形没有不被批复的，整个朝廷都很惊讶。傅櫆也说圣意不能更改，魏大中这才重新上任。
杨涟上疏弹劾魏忠贤，魏大中也率领同事上疏说：“自古皇帝身旁的奸臣，并不能直接危害国家。有的忠臣不惜冒着生命的危险告诉皇帝，而皇帝还不觉察，这才到了不可收拾的地步。如今魏忠贤狐假虎威，拉帮结派，先是杀死王安在内宫树立淫威；然后驱逐刘一燝、周嘉谟、王纪在外廷树立淫威；最近还杀死三个外戚亲贵的家属在三