唯独吏科给事中张延登不署名，何宗彦遂未获通过。时御史左光斗、薛敷政、肖毅中等均上疏皇帝，为何宗彦未入阁表示惋惜，而张延登同官亓诗教、薛凤翔又屡屡上疏纠驳。当时，朝臣朋党角逐，言官多依附齐党，何宗彦不与他们结党，无所依附，故不能安其位，于是不久辞归。
万历帝崩，太子朱常洛即位，是为明光宗，何宗彦在家被授为礼部尚书兼东阁大学士，此时边陲失守，人情汹汹，危机四伏，他奉命于危难之际。何宗彦不畏艰险，慨然进京就职，劳苦操作，筹商军国要务。天启时曾典试礼闱，选录400人皆俊义之士，使不少昔日遗珍一时见采，被视为得人。何宗彦晋少保兼太子太保、户部尚书，少傅兼太子太傅、太子太师、吏部尚书，建极殿大学士。
何宗彦卒于任上，赠太傅，谥文毅，时人评说，何宗彦澡身浴德，正色立朝，淡于求名，拙于求利，死后，奉旨建祠，以示纪念。