的贿赂，判定杨涟、左光斗各坐赃二万，魏大中三千。后左光斗等人被捕下狱，受酷刑折磨，每五天就要受一次审，并受多种刑罚，直至不能跪起，只得卧倒在堂下受讯。魏忠贤诬左光斗等贪污数万两白银，要追出赃款，左光斗的旧友孙奇逢与鹿正、张果中四处募款，诸生热烈响应，募得数千两白银上缴未及，魏忠贤见左光斗有人营救，矫旨仍命许显纯每过五天就追赃拷打一次，不交给法司。
左光斗在牢中遇害，享年五十一岁，被诬陷应交的白银尚未交清，魏忠贤命抚按严加追赃，逮其亲属十四人。长兄左光霁被株连致死，左母因二子俱死，悲痛而卒。都御史周应秋还认为官员追赃不力，上疏催促，因此左光斗、杨琏等人都家破人亡。当魏忠贤编定《三朝要典》时，移宫案以杨涟、左光斗为罪魁，准备开棺戮尸，有人劝解，这才幸免。
明熹宗驾崩，明思宗即位，改元崇祯，惩办阉党，魏忠贤畏罪自杀，思宗追赠光斗右都御史、太子少保，录用其一子为官。