周朝瑞，字思永，号衡台，山东东昌府临清州人。明光宗嗣位，升吏科给事中，疏请收录先朝直臣。不久陈“慎初三要”，曰“信仁贤，广德泽，远邪佞”，请留上供金花银，以佐军兴。明熹宗立，迁礼科左给事中。左光斗等极论大学士沈纮勾结中官练兵，为肘腋之贼，得罪魏忠贤党，被忠贤心腹徐大化列入汪文言狱中，与杨涟等五人并逮下狱，坐妄议“移宫”及受熊廷弼贿，拷打备至，毙狱中。与同为阉党所害的杨涟、左光斗、魏大中、袁化中、顾大章并称“东林六君子”。
明光宗即位，周朝瑞被提拔为吏科给事中，上疏请求收留录用前朝的忠臣。不久，陈述刚开始执政时应注意的三项要务，即：一、任用仁爱贤能的人；二、推广皇上的恩惠；三、远离邪恶、阿谀奉承的人。于是请求留下各地上供的金花银，用来帮助军队建设。其中有很多斥责宦官的话，宦官都憎恨他，因此刺激皇帝生气，贬低他的官级将他调往外地，这时他才做谏官四天。他尚未出京城，明熹宗即位，下诏恢复他的官职，上疏请求皇帝容纳直言进谏，又陈述考试选举的各种弊病。将要举行日讲，上书陈述君臣之间相互警戒，皇帝都高兴地接受了。贾继春请求安置李选侍，周朝瑞极力驳斥他，跟贾继春来回交锋三四次。
辽阳战事危急，周朝瑞请求在内阁大臣中推选二个通晓军事的人专门负责这事，而用职方郎一人专门管理机要事情，给事中二人专门负责来往的公文，皇帝同意了。雄县知县王纳谏被宦官诬告，假传圣旨降了官级，给事中毛士龙因此检举驳斥宦官，被府丞邵辅忠陷害，宫廷传旨将他除名，周朝瑞一并上疏一一讨论。
太阳上面覆盖了一个东西，忽然大风吹起狂沙，天空一片火红，都城的人惊吓得不知所措，有关部门不敢报告皇帝。周朝瑞请求皇帝修身自省，下诏给朝廷内外的臣属，不要互相斗争耽误国家大事，责问有关部门不上报的罪责，皇帝接受了。这时皇帝即位一年多了，还不曾亲自主持国家政权，国家大权落在别人手里，周朝瑞请求皇帝亲自处理国家事务。皇帝下旨，说政务交给内阁大臣，祖宗的旧制度不能搞乱了，然而这时国家政权根本不在内阁。
广宁失陷，下诏停止每天的学习讲读，周朝瑞等人上疏说：“这果真是皇帝的意思，辅臣应