当据理力争。如果辅臣迎合宦官的意图，那么过失就大了。况且皇帝年轻，还没有自己的明确主张，全靠早晨讲解经史的机会，各臣能够一睹皇帝的龙颜，一起揭穿指鹿为马的奸计。如今上朝的机会已逐渐减少，倘若再取消讲解经史，深宫重重阻隔，无法会见，地方司马的报告不能传入，像吕大防一样被贬职而不被人知，国家大事将毁于一旦了。”正好礼部也有同样的说法，于是下令照常举行每天辅助皇帝讲解经史。
不久，同各给事御史惠世扬、左光斗等人极力追究大学士沈纮勾结中官操练部队，是窝藏在皇帝身边的内奸。沈纮上疏辩护，周朝瑞等人彻底揭发他贿赂勾结魏忠贤、卢受、客氏，而末尾又涉及他的私党邵辅忠、徐大化，语言过于激烈，剥夺了首先上疏的惠世扬的俸禄。徐大化曾受某个要人的指使，极力攻击熊廷弼，周朝瑞讨厌他。不久，王化贞丢弃广宁逃跑，徐大化又请求立即杀死熊廷弼，周朝瑞认为熊廷弼还有可用之才，请求让他防守山海关，带罪立功，先后上了四次疏，都被扣压没有实行。徐大化于是极力诽谤周朝瑞，周朝瑞被激怒了，也丑化诋毁徐大化，有关部门为他们双方排解。
周朝瑞刚被提拔为太仆少卿，而徐大化是魏忠贤的心腹，一定要杀死周朝瑞，将他的名字窜入汪文言案中，跟杨涟等五人一起逮捕，投进镇抚司的监狱，判处胡乱议论“移宫”的事情以及接受熊廷弼贿赂一万两，过了五天再审讯，严刑拷打，竟打死在狱中。