贵妃，贵妃之子福王不肯回自己的封国，叶向高因为德高望重而成为宰相，忧国忧民，一心为公，每逢主持政事都很尽忠效力。神宗虽然很看重叶向高，表面上对他的态度很好，但他提的意见却不大采用，十条意见只能接受二、三条而已。东宫太子停止讲学有五年了，廷臣多次请求恢复都没回音，叶向高再次选择吉日向皇帝请求，神宗也不答复他，从此之后每年春、秋两季叶向高都要诚恳地提出请求，然而皇帝都不接受。
太子的生母王贵妃因病去世，过了四天都没有发丧，叶向高提出意见，这才发丧。但是礼官呈上礼仪制度后，又拖延五天也没有举，叶向高不得不又向神宗争取，奏疏才转发下来。福王的府第建成后，工部请求皇帝让福王回封国，叶向高拟旨交上去，神宗不发圣旨，改在次年春天让福王回封国。等到日期临近，叶向高请求先整顿福王的仪卫、舟车等仪仗用度，神宗却不予采纳。
廷臣相继上疏请求让福王回封国，神宗又宣布启程时间改为四十二年，过了不久却又忽然传旨，福王的庄田没有达到四万顷就不回国，廷臣们都非常吃惊。叶向高于是进言说：“四万顷庄田，一定满足不了他的愿望，回封国将遥遥无期，陛下的圣旨将要失信于天下了。况且福王的奏疏援引祖宗的制度，而祖宗的制度中没有这样的规定。先前只有明世宗的时候景王出现过这种情况。景王长期不回封国，您的父亲当时还在裕王邸，危险而不能安定。怎么能够效法他呢？”神宗回答说：“赏赐庄田自然有先例，况且现在皇太子与各皇子的关系已经确定，还有什么可质疑的？”叶向高于是上疏道歉说：“皇父的时候，皇太子的名位虽然还没有确立，但是东宫讲学并没有停止，皇帝父子之间的情意是相通的。现在东宫停止讲学已有八年了，况且太子长时间不能和皇帝见面，而福王一天和皇帝见面两次，所以不能没有怀疑，只有坚决遵守明年春天返回封国的日期，不要拿庄田作为借口，百姓的怀疑才会得到澄清。”神宗只好告诉他福王并没有一天两次见面他的情况。
叶向高有裁决判断能力，善于处理大事，锦衣百户王曰乾是京师的奸人，跟孔学、赵宗舜、赵思圣等人相互攻击告发，刑官还没有来得及审判定罪，王曰乾就进入皇城放炮上疏，刑官大为震惊，要判他死罪。王曰乾于是