在于朝廷内部啊。”言词极其恳切，神宗心知他的忠诚却不肯实行。
当初，叶向高进入内阁，陈奏选用人才、治理财政的计策，极力请求填补空缺的官职，罢免矿税。发现皇帝不能听从他的建议，于是陈奏君臣之间关系紧张的弊病，两次上疏乞求辞职，神宗不答应。叶向高自从成为唯一的宰相，就请求增加阁臣，神宗又不听。等到吏部尚书孙丕扬因为举荐贤能不被任用而请求离职，叶向高特地上疏请求留用他，神宗也不答复，叶向高于是称病不出。神宗多次下诏，才出来管理事务，不久又说：“我多次请求辞职，都承皇上恩典挽留。陛下不应当只关心我一个人的去留，而应当更关心国家的治乱。当今国家到处都是灾荒死亡，畿辅、中原、齐鲁的流民塞满了道路，加上内外空虚，人才都不能被任用。罪责不在别人身上，我怎能不辞职，况且陛下任用我，就应当实行我的建议。现在奏章不下发，重臣不补任，官员任免制度得不到实行，我微薄的忠诚不能报答皇帝，即使留任又有什么益处？陛下如果能采纳我的意见，而不只是让我徒占虚位，我的生命即使象朝露那样消失得快，我也三生有幸。”皇帝并不理会。
京师发大水，全国很多地方报告水旱灾害，叶向高又说：“从阁臣到九卿台省，官府衙门都空无其人，南京九卿也只有二人。国家的方面大吏，从去年秋天到现在，还不曾任用一个人。陛下什么事情都不管，国家长此下去，我担心一旦发生变故，将不可收拾啊。”皇帝还是不理会。
叶向高以历代帝王中，在位达四十年以上，从三代以来直到现在只有十人，规劝神宗大力推行新政，又请求选用人才，神宗也不答复。叶向高的意图得不到实行，每个月都要求辞职，神宗每次都降旨勉励挽留他，叶向高又说：“我的去留可以置之不理，但百官一定不能都让位子空着，台谏一定不能都废除了，各方的巡抚一定不能不让人代替。朝廷内外离心，宫城之内怨声载道，祸害无法预测，而陛下一定要与臣属隔绝，幕僚不能尽忠效力，六部的官员不能各负其责，整个国家没有一个可以信任的人，而自以为有神机妙算，我恐怕自古以来圣明的帝王没有用这种方法治理国家的。”
先前叶向高患病，内阁中却无人可用，于是叶向高在家中草拟奏章诏书达一月之久，