后来叶向高卧床的时间更长，却仍像先前一样在家中拟旨。有人认为这不成体统，叶向高也自觉不妥，坚决乞求辞职，神宗却仍不任命其他人为宰相，而是派遣鸿胪官去安慰挽留他。等到皇帝过万寿节时，叶向高病愈，才出来理事。
此后，叶向高主持癸丑年的会试，官员的奏章都被送到考场上，成了一大奇事，皇帝考核选拔了科道官员七十多人，任命长时间不下达。叶向高几十次上疏恳切请求，结果过了两年任命才下达，言官增多之后，攻击也就纷纷出现。神宗心里很讨厌这样，就把奏章全都扣留而不下发。叶向高请求把他们交给有关部门，确定他们的去留，于是说：“大臣是小臣的纲领。当今六卿只有赵焕一人，而都御史十年没有补充新人，没有人来弹劾监督，人心怎么能安定呢？”皇帝只是责备言官胡说，而大官却一直不去补充，叶向高请求增加阁臣，奏章达一百多份。皇帝这才任用了方从哲、吴道南，叶向高上疏称谢，于是请求辞职，神宗下诏嘉奖叶向高却不同意他辞职。
皇太后驾崩，福王回到封国，叶向高乞求辞职更加频繁，奏章写了十几道，到了八月，神宗准许他辞职。叶向高入阁期间，因为三年的考绩优异，被提升为太子太保、文渊阁大学士，记录延绥的战功，加封少保兼太子太保，改任户部尚书，晋武英殿大学士；一品官三年期满，加封少傅兼太子太傅，改任吏部尚书，晋建极殿大学士。至此，神宗下令加封少师兼太子太师，赏赐白金百两，彩帛四件，表里大红坐蟒一件，派遣行人护送他回乡。
叶向高任内阁首辅期间，务求调剂各大臣的感情，安抚不同的意见，然而当时党论已十分兴盛，御史郑继芳极力攻击给事中王元翰，拥护他们二人的人分成两派互相争斗。叶向高请求将他们的奏疏下发，下诏令部院评定是非曲直，处罚议论颠倒的一、二人，来警告其他人，皇帝却不理睬。各大臣看到这样做并没有什么害处，就更加拉帮结派相互攻击。
不久，又争论李三才事件，于是形成了帮派的势力，无锡顾宪成在家闲居，在东林书院讲学，朝臣羡慕他，争相跟他交游。李三才被攻击，顾宪成写信给叶向高和尚书孙丕扬，辩白李三才的贤能。正逢京官考察，攻击李三才的刘国缙因为其它过错登记在考核的名册上，乔应甲也因为年例